Ἀπὸ τὸ 1600 ὁ Πατριαρχικός Ναὸς μετεφέρθη ὁριστικῶς εἰς τὸν Ἅγιον Γεώργιον Φαναρίου. Εἶχον προηγηθεῖ ἀλλεπάλληλοι περιπέτειαι καὶ μετακινήσεις ἕως ὅτου καταλήξῃ ἐκεῖ ὅπου εὑρίσκεται σήμερον. Ἀμέσως μετὰ τὴν Ἅλωσιν Γεννάδιος ὁ Σχολάριος (α´ 1453-1456, β´ 1458-1465) ἐστέγασε προσωρινῶς τὸ Πατριαρχεῖον εἰς τὸν περίφημον ναὸν τῶν Ἁγίων Ἀποστόλων ἀπὸ τὸ 1453-1456. Μονιμοτέρα στέγη, διὰ 131 συναπτὰ ἔτη, ἀπετέλεσε διὰ τὸ Οἰκουμενικὸν Πατριαρχεῖον ἡ ἱστορικὴ Μονὴ Παναγίας τῆς Παμμακαρίστου, ἀπὸ τὸ 1456-1587. Ὅτε δὲ καὶ ἐκεῖθεν ἐξεδιώχθη, λόγῳ τῆς βιαίας μετατροπῆς τῆς Παμμακαρίστου εἰς μουσουλμανικὸν τέμενος – τὸ Φετχιὲ τζαμὶ – ἤρχισαν διὰ τὸ Πατριαρχεῖον νέαι περιπλανήσεις. Ἐφιλοξενήθη προσωρινῶς ἀπὸ τὸ 1587 μέχρι τὸ 1597 εἰς τὸν Ἱερὸν Ναὸν τῆς Θεοτόκου τῆς Παραμυθίας, τὸ μετόχιον τῶν ἡγεμόνων τῆς Μπογδανίας (Μολδοβλαχίας) ἐν Κωνσταντινουπόλει, τὸ γνωστὸν ὡς «ὀσπίτια τῶν Βλάχων» ἤ Βλάχ-Σεράγι καὶ κατόπιν εἰς τὸν Ἅγιον Δημήτριον τοῦ Κανάβη εἰς τὴν Ξυλόπορταν, ἀπὸ τοῦ 1597 ἕως τοῦ 1600. Ἀπὸ ἐκεῖ τελικῶς, κατὰ τὸ ἔτος 1600, ἐπὶ Πατριάρχου Ματθαίου τοῦ Β´ (α´ 1595, β´ 1598-1602, γ´ 1603) ἐγκατεστάθη εἰς τὸ μικρόν, γυναικεῖον ἕως τότε μοναστήριον τοῦ Ἁγίου Γεωργίου εἰς τὸ Διπλοφάναρον. Μίαν γενικὴν εἰκόνα τῶν μετακινήσεων καὶ περιπετειῶν τοῦ Οἰκουμενικοῦ Πατριαρχείου κατὰ τὴν διάρκειαν τῶν αἰώνων ἰδιαιτέρως μετὰ τὴν Ἅλωσιν μᾶς δίδει ὁ ἐπακολουθὼν πίναξ:
Ἁγία Εἰρήνη: «τὸ Παλαιὸν Πατριαρχεῖον».
Ἁγία Σοφία: Ἀπὸ τοῦ Μ. Κωνσταντίνου (315) μέχρι τὸ 1453.
Ἱερὸς Ναὸς τῶν Ἁγίων Ἀποστόλων Νικαίας (1205-1262).
Περίοδος Φραγκοκρατίας ἐν Κωνσταντινουπόλει.
Ἅγιοι Ἀπόστολοι: Ἀπὸ τὸ 1453-1456.
Μονὴ τῆς Παμμακαρίστου: Ἀπὸ τὸ 1456-1587.
Θεοτόκος ἡ Παραμυθία (τὰ ὀσπίτια τῶν Βλάχων) Βλάχ-Σεράϊ: Ἀπὸ τὸ 1587-1597.
Ἅγιος Δημήτριος Ξυλοπόρτης: Ἀπὸ τὸ 1597-1600.
Ἅγιος Γεώργιος ἐν Φαναρίῳ: Ἀπὸ τὸ 1600 μέχρι σήμερον.
Ὁ πάνσεπτος Πατριαρχικὸς ναὸς τοῦ Ἁγίου Γεωργίου διῆλθεν ἀπὸ διαδοχικὰς ἀνακατασκευαστικὰς φάσεις ἕως ὅτου ἀποκτήσῃ τὴν σημερινὴν αὐτοῦ μορφήν. Ἡ πρώτη πληροφορία ἀναφέρει ὅτι ἅμα τῇ μεταφορᾷ τοῦ Πατριαρχείου εἰς Φανάριον καὶ κατὰ τὸ χρονικὸν διάστημα ἀπὸ τοῦ ἔτους 1600 μέχρι τὸ 1603 ἀνεκαινίσθησαν τὰ ἐρειπωμένα κελλία τῆς Μονῆς.
Δευτέρα ἀνακαινιστικὴ προσπάθεια ἀναφέρεται κατὰ τὴν πατριαρχείαν Τιμοθέου τοῦ Β´ (1612-1620), ὁ ὁποῖος τῷ ἔτει 1614 «τὴν ἀρχικῶς σμικροτάτην, χθαμαλὴν καὶ πενιχρὰν ἐκκλησίαν τοῦ Ἁγίου Γεωργίου» ἐπηύξησε.
Ὁ Πατριάρχης Ἱεροσολύμων Δοσίθεος (1669-1707) ἔγραψε διὰ τὴν περίπτωσιν ταύτην ὅτι «ἐπὶ τοῦ σουλτὰν Ἀχμὲτ ἐκάη καὶ ἡ ἐκκλησία τοῦ Πατριαρχείου, ὁ Ἅγιος Γεώργιος, ἔτυχε δὲ τότε νὰ οἰκοδομῆται καὶ τό τζαμὶ ὅπου κεῖται εἰς Ἱπποδρόμιον καὶ ἔδωκεν ὁ βασιλεὺς θέλημα νὰ ἀνακαινισθῇ. Ὅθεν ἐλθὼν ὁ κάλφας τοῦ τζαμιοῦ μὲ τὸ πλῆθος τῶν χριστιανῶν μαστόρων ὅπου ἐδούλευον εἰς τὸ τζαμί, ἀνῳκοδόμησε τὴν ἐκκλησίαν, ὡς φαίνεται τώρα». Οὕτω πως ἐξηγεῖται ἡ ἐπέκτασις ἡ γενομένη ἐπὶ Τιμοθέου τοῦ Β´ κατὰ τὸ ἔτος 1614. Τρίτη φορὰ ἐπὶ Καλλινίκου Β´ τοῦ Ἀκαρνᾶνος κατὰ τὴν γ´ πατριαρχείαν αὐτοῦ (1694-1702) ἐγένοντο γενικαὶ ἐπισκευαὶ εἰς τὸν ναόν, ὁ ὁποῖος «εἶναι ἕνεκα τῆς πολυκαιρίας σαθρός», καὶ ὑπῆρχε ἄμεσος κίνδυνος πτώσεως τῶν τοίχων καὶ τῆς στέγης του.
Κατὰ τὴν πρώτην εἰκοσαετίαν τοῦ 18ου αἰῶνος ἐκάη τὸ Πατριαρχεῖον καὶ ἡ πέριξ περιοχή. Ἀλλ᾽ οἱ μελετηταὶ (Μαθᾶς, Κούμας, Βενδότης, Σάθας, Ὑψηλάντης, Σάρδεων Γερμανός) διαφωνοῦν διὰ τὴν ἀκριβῆ χρονολογίαν. Προτείνουν τὸ 1701 ἤ τὸ 1707 ἤ τὸ 1710 ἀκόμη καὶ τὸ 1720. Τὸ βέβαιον εἶναι ὅτι ὁ Πατριάρχης Ἱερεμίας ὁ Γ´ (α´ 1716-1726, β´ 1732-1733) ἐξαπέστειλε γράμματα πρὸς τὸν μητροπολίτην Ἄρτης Νεόφυτον εἰς τὰς 26 Αὐγούστου 1720 πρὸς τὸν ὁποῖον ἀνεκοίνωσε «ὅτι θείῳ ἐλέει καὶ εὐδοκίᾳ τοῦ Παναγάθου Θεοῦ ὅπου ἔνευσεν εἰς τὰς καρδίας τῶν πολυχρονισμένων αὐθεντῶν καὶ μᾶς ἔδωσαν ἄδειαν εἰς τὸ νὰ οἰκοδομήσωμεν ἐκ βάθρων καί θεμελίων τὴν ἁγίαν ἐκκλησίαν τοῦ καθ᾽ ἡμᾶς Πατριαρχικοῦ καὶ Οἰκουμενικοῦ Θρόνου καὶ ἡμεῖς ἰδοὺ σὺν Θεῷ ἀρχίσαμεν τὴν οἰκοδομὴν ταύτην…» καὶ πρὸς τοὺς ἡγεμόνας τῶν παραδουναβείων περιοχῶν πρὸς τοὺς ὁποίους ἐσημείωνε· «ἀκουστὸν καὶ φανερὸν εἰς τόδε ἐγένετο καί παρά τῇ ἡμετέρα ὑψηλότητι ἡ ἐκ βάθρων, Θεοῦ ἐλέει, ἀνάκτισις καὶ οἰκοδομὴ τοῦ καθ᾽ ἡμᾶς πανσέπτου Πατριαρχικοῦ Ναοῦ, μετὰ καὶ τῶν πέριξ ὀσπιτίων…». Τὰ γράμματα τοῦ Ἱερεμίου εἶχον ὡς στόχον τὴν οἰκονομικὴν βοήθειαν καὶ συνδρομὴν διὰ τὰ ἀπαιτούμενα τεράστια ἔξοδα τῆς ἐκ νέου κατασκευῆς τοῦ Πατριαρχικοῦ Ναοῦ καί Οἴκου.
Ὁ Βενδότης δίδει τὴν ἀξιόλογον πληροφορίαν ὅτι, μόλις ἐτελείωσεν ἡ ἀνέγερσις τοῦ ναοῦ «ἔπεσεν ἡ στέγη ἐπειδὴ ἦταν θόλος». Οὕτω ἠναγκάσθη ὁ Πατριάρχης νὰ ξανακτίσῃ τὴν στέγην «ὡς τῆς σήμερον φαίνεται». Τότε (1720) ἠγοράσθη καὶ τὸ διπλανὸν κτίριον «ὁ οἶκος τῶν εὐγενῶν ἀρχόντων» (Βενδότης) «ἵνα κατοικεῖ ὁ Πατριάρχης» (Κούμας). Τὸ ἀνακαινιστικὸν ἔργον Ἱερεμίου τοῦ Γ’ συνέχισεν ὁ λόγιος Πατριάρχης Παΐσιος ὁ Β’ (α’ 1726-32, β’ 1740-43, γ’ 1744-48, δ´ 1751-52) ὅπως φανερώνει ἡ χρονολογία 1746 εἰς τὰς περισσοτέρας Δεσποτικὰς εἰκόνας τοῦ τέμπλου.
Ἡ πληροφορία διὰ τὸ μεγάλον ἔργον τῆς ἀνοικοδομήσεως τοῦ Πατριαρχικοῦ Ναοῦ ἐπὶ Ἱερεμίου Γ’ διαιωνίζεται μὲ τὴν ὑπέρθυρον ἐπιγραφήν, ὡς σώζεται μέχρι τῆς σήμερον εἰς τὴν νοτίαν θύραν τοῦ νάρθηκος· «Ὁ πάνσεπτος οὗτος καὶ Πατριαρχικὸς Ναὸς ἀνῳκοδόμητο ἐκ βάθρων αὐτῶν ἐπὶ τῆς πατριαρχείας τοῦ σεβασμιωτάτου Πατριάρχου κυρίου Ἱερεμίου, ἀναλώμασι μὲν καὶ δαπάνῃ τῶν εὐσεβῶν χριστιανῶν, ἐπιτροπευόντων δὲ καὶ ἐπιστατούντων τῶν πανιερωτάτων μητροπολιτῶν Νικομηδείας κυρίου Παϊσίου, Νικαίας κυρίου Γερασίμου, Χαλκηδόνος κυρίου Παρθενίου, Προύσσης κυρίου Κυρίλλου, Βάρνης κυρίου Καλλινίκου συνεπιστατούντων δὲ τῶν τιμιωτάτων ἀρχόντων τοῦ τε μεγάλου ἐκκλησιάρχου κὺρ Κωνσταντίνου καὶ Χατζῆ κὺρ Κωνσταντίνου, πρώην καπὶ Κεχαγιᾶ Οὐγγροβλαχίας. ΑΨΚ´ δεκεμβρίω ιη’».
Δευτέρα μικρὰ ἐπιγραφὴ εἰς τὸ ἐσωτερικὸν τῆς κεντρικῆς εἰσόδου ἀποκαλύπτει·
«Μνήσθητι Κύριε τοῦ δούλου σου Κωνσταντίνου καπουκεχαγιᾶ τῆς Μολδοβλαχίας, οὗ τοῖς ἐξόδοις ἀνηγέρθη ἡ παροῦσα πύλη ἔτει ,αψκ´».
Τὸ ἔτος 1720 ἐπίσης ἐστρώθη τὸ δάπεδον τοῦ ναοῦ μὲ πλάκας καθὼς μᾶς πληροφορεῖ τρίτη μικρὰ λιθίνη ἐπιγραφὴ εἰς τὴν δεξιάν παραστάδα τῆς κεντρικῆς εἰσόδου·«Τὸ παρὸν ἔδαφος ἐστρώθη διὰ δαπάνης τοῦ τιμιωτάτου ἄρχοντος κυρίου Ἀθανασάκη Κιουρτσήμπασι εἰς μνημόσυνον αὐτοῦ ἐν ἔτει ,αψκ´, ἐν μηνὶ δεκεμβρίῳ γ´».
Κατὰ τὴν μεγάλην πυρκαϊὰν τοῦ 1738, ὁπότε τὸ Πατριαρχεῖον ἔπαθε μεγάλην καταστροφὴν «δὲν ἐκάη, θείῳ ἐλέει, ἡ ἐκκλησία οὔτε τὰ κελλία τῶν ἐφημερίων οὔτε τὸ συνοδικόν» (Ὑψηλάντης). Παρῆλθον ἐξήκοντα ἔτη διὰ νὰ ἀρχίσουν τῷ 1797 ἐπὶ Πατριάρχου Γρηγορίου τοῦ Ε´ νέα μεγάλα ἔργα ἀνακαινίσεως τοῦ Πατριαρχείου. Τῷ 1798 ἐγένοντο ὡρισμέναι στερεωτικαὶ καὶ προσθετικαὶ ἐργασίαι εἰς τὸν Πατριαρχικὸν Ναὸν καὶ ἰδιαιτέρως εἰς τὸ Ἱερὸν Βῆμα, ὅπου τὸ πρῶτον ἐτοποθετήθησαν δύο ἀκόμη Ἁγίαι Τράπεζαι καὶ ἐθεσπίσθη ὥστε τὸ μὲν δεξιὸν (νότιον) κλῖτος νὰ εἶναι παρεκκλήσιον ἀφιερωμένον εἰς τὴν Ἁγίαν Εὐφημίαν, ἐνῷ ἀντιστοίχως τὸ ἀριστερὸν (βόρειον) κλῖτος νὰ ἀφιερωθῇ εἰς τοὺς Τρεῖς Ἱεράρχας. Τήν πληροφορίαν ὀφείλομεν εἰς τὰ ἔργα τῶν Κούμα, Σάθα, Μ. Βαφείδου, Μαθᾶ καὶ εἰς τὸν παλαιότερον ἱστορικὸν Σέργιον Μακραῖον, ὁ ὁποῖος διαφωνῶν διὰ τὴν δημιουργίαν τριῶν Ἁγίων Τραπεζῶν μεταξύ ἄλλων σημειώνει· «edcx». Τὴν ἰδίαν ἐποχὴν ὡρίσθη ὅπως τὸ νότιον κλῖτος θὰ εἶναι παρεκκλήσιον, ἀφιερωμένον καὶ εἰς τὴν Παναγίαν τὴν Παμμακάριστον, καθόσον ἐκεῖ εὑρίσκεται ἡ φερώνυμος ἱστορικὴ ψηφιδωτὴ εἰκών. Ἄλλωστε παλαιόθεν, εἰς τὰς γνωστὰς μετακινήσεις τοῦ Οἰκουμενικοῦ Πατριαρχείου ὁ Πατριαρχικὸς Ναὸς κάθε φορὰ ἐθεσπίζετο νὰ τιμᾶται καὶ εἰς τὸ ὄνομα τῆς Παναγίας τῆς Παμμακαρίστου. Ὁ Ἀθηνῶν Μελέτιος π.χ. ἀναφέρει ὅτι ὁ Πατριάρχης Τιμόθεος ὁ Β’ «τὸν ἐν τῷ νέῳ Πατριαρχείῳ ναὸν τοῦ Ἁγίου ἐνδόξου μεγαλομάρτυρος Γεωργίου τῷ 1614… καὶ εἰς τιμὴν τῆς ἀειπαρθένου Μαρίας νὰ τιμᾶται ἐθέσπισεν, εἰς μνήμην δηλαδὴ τοῦ ἐν τῷ προτέρῳ Πατριαρχείῳ Ναοῦ τῆς Παμμακαρίστου».
Ριζικαί ἀλλαγαὶ εἰς τὸν Πατριαρχικὸν Ναὸν ἐγένοντο ἐπὶ Γρηγορίου ΣΤ´ (1835-1840). Διετηρήθη τὸ μῆκος καὶ τὸ πλάτος ποὺ εἶχεν ὁ ναὸς ἀπὸ τὴν ἐποχὴν Ἱερεμίου τοῦ Γ’ (1720) καὶ ὑψώθη ἡ στέγη, ἡ ὁποία ἔλαβε τὸ σημερινόν της ὕψος. Ὡς τότε ὁ ναὸς ἦτο «μικρός, χαμηλὸς καί σκοτεινός» (Κούμας) καὶ τὸ ὕψος του ἔφθανε ὡς τὸ σημεῖον ποὺ εὑρίσκεται σήμερον ὁ ἄμβων. Τὰ σχέδια καὶ τὴν ἐπιστασίαν τοῦ ναοῦ εἶχεν ἀναλάβει ὁ ἀρχιτέκτων Χατζῆ-Νικολῆς. Ἡ μαρμάρινη πύλη μὲ τὰ καλλιτεχνικὰ περιθυρώματα καὶ τὸ νεοκλασσικὸν ὑπέρθυρόν της, προσδίδει μνημειώδη ὄψιν καὶ μεγαλοπρέπειαν εἰς τὴν εἴσοδον, ἀπὸ τὸν νάρθηκα στὸν κυρίως ναόν. Διὰ τὴν ἀνακαίνισιν αὐτὴν μαρτυρεῖ ἡ ὑπέρθυρος εἰς ὁμηρικὸν ὕφος ἐπιγραφὴ ἡ κειμένη εἰς τὴν κεντρικὴν εἴσοδον τοῦ ναοῦ. Γίνεται τιμητικὴ ἀναφορὰ τοῦ ὀνόματος Γρηγορίου τοῦ ΣΤ´ σημειώνεται ἡ χρονολογία 1836 καὶ ἐξαίρεται τὸ κάλλος τοῦ ἀνακαινισμένου ναοῦ.
Ἤτοι μὲν μεγάλοιο νεὼς ὁ Γεωργίου ἱρός μάρτυρος εὐκλεέος, γήραϊ εἶκε πάρος αὐτὰρ ἀνηβήσας νέον ἐς κάλλος τόδε γ᾽ ἧκεν
ὡς χαρίεις ἰδέειν, ἀγλαὸς ἰδὲ μέγας, ζήλῳ μὲν κλυτοῖο ἀγαστοῦ Γρηγορίοιο εὖ πατριαρχοῦντος πέντε μετ᾽ ἐσπομένου, ἁδραῖς τ᾽ οἳ δαπάναις ἰδὲ κλήρου ἀρχιθυτοίων τῷ δ᾽ ἄρα παμμεδέων ὄλβια τοῖσι πόροι. (,αωλς´)
Τελευταία εὐρυτάτη ἐξωραϊστικὴ προσπάθεια ἐγένετο ἀπὸ τὸν Πατριάρχην Ἰωακεὶμ τὸν Γ´ (α´ 1878-1884 , β´ 1901-1912) εἰς ὁλόκληρον τὸν πατριαρχικὸν χῶρον.
Ἰδιαιτέρως εἰς τὸν Πατριαρχικὸν Ναὸν ἀντεκατεστάθη ἡ πλακόστρωσις τοῦ δαπέδου εἰς τὸ Ἱερὸν καὶ ἀνεκαινίσθη τὸ σύνθρονον, κατεσκευάσθησαν μαρμάριναι λάρνακες διὰ τὰ ἱερὰ λείψανα, ἐπεσκευάσθησαν πλαίσια τῶν εἰκόνων καὶ ἐνεπλουτίσθη ἡ συλλογὴ τοῦ ναοῦ μὲ νέα σκεύη καὶ ἱερὰ ἄμφια δωρεαὶ τῶν πιστῶν.
Τόν Αὔγουστον τοῦ 1904 ἐξάλλου, μετὰ ἀπὸ Πατριαρχικὴν καὶ Συνοδικὴν ἀπόφασιν, ὡρίσθη ταυτοχρόνως μὲ τὴν ἑορτὴν τῆς Ἰνδίκτου (1η Σεπτεμβρίου) νὰ συνεορτάζεται καὶ ἡ ἀρχαία καὶ θαυματουργὴ εἰκὼν Παναγίας τῆς Παμμακαρίστου. Διὰ τὸν λόγον αὐτὸν συνετάχθη καὶ ἰδιαιτέρα ἀκολουθία. Ἡ ἀπόφασις τηρεῖται μέχρι σήμερον καὶ οἱ χοροὶ τῶν ψαλτῶν ἀναμέλπουν εἰς ἦχον πλάγιον δ´ τὸ ἀπολυτίκιον τῆς Παμμακαρίστου.
Εἰς τὴν σημερινὴν μορφὴν ὁ Πατριαρχικὸς Ναὸς τοῦ Ἁγίου Γεωργίου ἔχει τὸν τύπον τῆς τρικλίτου βασιλικῆς μὲ τρεῖς ἡμικυκλικὰς ἁψίδας ἀνατολικῶς καὶ ἐγκάρσιον νάρθηκα πρὸς τὰ δυτικά. Ἐξ αἰτίας τοῦ ἀκανονίστου τοῦ χώρου αἱ μακραὶ πλευραὶ δὲν εἶναι εὐθεῖαι, ἀλλὰ δημιουργοῦν ἐλαφρὰν γωνίαν, χωρὶς αὕτη ἡ παρατυπία νὰ ἐπηρεάζῃ τὸ γενικότερον σχῆμα τοῦ ναοῦ. Ἐσωτερικῶς τὰ κλίτη χωρίζονται μὲ κιονοστοιχίας. Καὶ καθὼς τὰ ὑψηλὰ ξύλινα ἐβένινα στασίδια εἶναι τοποθετημένα στὴν γραμμὴν τῶν κιόνων δημιουργοῦν εὐρύχωρον καὶ ἄνετον τὸ κεντρικὸν κλῖτος, οὕτως ὥστε εἰς τὸν «Σολέα» νὰ διαδραματίζωνται οὐσιώδη σημεῖα τῆς λειτουργίας – ἀπὸ τὴν συνηθισμένην ὡς τὴν Πατριαρχικὴν καὶ Συνοδικὴν – μέχρι νὰ ὁλοκληρωθῇ ἡ ἀναίμακτος θυσία ἐπὶ τῆς Ἁγίας Τραπέζης.
Στὸ Ἱερὸν Βῆμα, πίσω ἀπὸ τὴν Ἁγίαν Τράπεζαν διαμορφώνεται στὸ ἡμικύκλιον τῆς ἁψίδος τό Σύνθρονον, ὅπου κάθονται οἱ Ἀρχιερεῖς, ἔχοντες εἰς τὸ μέσον, τὸν ἀπὸ σκαλιστὸν μάρμαρον, ὑψηλότερον Πατριαρχικὸν θρόνον.
Τὸ Διακονικὸν (νότια) ἔχει μετατραπεῖ εἰς παρεκκλήσιον τῆς Παμμακαρίστου, ἐνῶ ἡ πρόθεσις (βόρεια) ἔχει ἀφιερωθῆ στοὺς Τρεῖς Ἱεράρχας. Στενὸς διάδρομος, ποὺ ξεκινᾶ ἀπὸ τὸ τελευταῖον παρεκκλήσιον, ὁδηγεῖ εἰς μικρὸν πρόχειρον Σκευοφυλάκιον τοῦ ναοῦ. Ὁ διάδρομος καταλήγει στὸ προαύλιον τοῦ ναοῦ.
Ὁ κύριος ναὸς χωρίζεται ἀπὸ τὸ Ἱερὸν μὲ ὑψηλὸν ξυλόγλυπτον τέμπλον. Στὰ βημόθυρα τῆς Ὡραίας Πύλης ὑψώνεται τὸ αἰώνιον σύμβολον τοῦ Πατριαρχείου, ὁ δικέφαλος ἀετός. Στό τέμπλον δεξιᾷ ὁ Χριστός «ἡ ἄμπελος ἡ ἀληθινή» καὶ ἐν συνεχείᾳ Ἰωάννης ὁ Πρόδρομος, οἱ Ἅγιοι Γεώργιος καί Δημήτριος, ἡ ψηφιδωτὴ εἰκὼν Παναγίας τῆς Παμμακαρίστου, ἡ Ἁγία Εὐφημία, καί στόν νότιο τοῖχον εἰς προσκυνητάριον ἡ ψηφιδωτὴ εἰκὼν τοῦ Προδρόμου, ὁ Ἅγιος Σπυρίδων, ἡ εἰς Ἅδου Κάθοδος, ὁ Ἅγιος Νικόλαος. Στὸ τέμπλον ἀριστερᾷ ἡ Παναγία ὡς «Ρίζα τοῦ Ἱεσσαί», καὶ ἐν συνεχείᾳ ὁ Ἅγιος Γεώργιος ἔφιππος, ὁ Ἅγιος Νικόλαος, ἡ Παναγία τῶν Προφητῶν, οἱ Τρεῖς Ἱεράρχαι, καὶ στὸ βόρειο τμῆμα ὁ Ἅγιος Ἱερομάρτυς Χαραλάμπης, ὁ Εὐαγγελιστὴς Ἰωάννης καί ὁ Πρόχορος, ὁ Ἅγιος Μηνᾶς ἔφιππος, Παναγία ἡ Φανερωμένη τῆς Κυζίκου εἰς προσκυνητάριον, ἡ Παναγία τῆς Ἀρτάκης, Ἰησοῦς Χριστός ὁ Παντοκράτωρ. Στό στηθαῖον τοῦ γυναικωνίτου, ἐκκινοῦντες ἀπὸ τὸν νότιον καὶ φθάνοντες ἕως τὸν βόρειον τοῖχον, ἁπλώνεται κατὰ σειρὰν μέγας ἀριθμὸς σκηνῶν τῆς Παλαιᾶς καὶ Καινῆς Διαθήκης (ἀπὸ τὴν Γένεσιν ἕως τὴν Ἀνάστασιν τοῦ Χριστοῦ). Πρόκειται διά ἐλαιογραφίας εἰς μουσαμᾶν, ποὺ ἐζωγραφίσθηκαν τὸν προηγούμενον αἰῶνα μὲ δυτικὴν τεχνοτροπίαν.
Στὸ παρεκκλήσιον τῆς Παμμακαρίστου καὶ πρὸς τὸν νότιον τοῖχον, ἐπὶ μαρμαρίνης βάσεως ἔχουν ἐναποτεθεῖ αἱ λάρνακες μέ τά λείψανα τριῶν γυναικῶν· τῆς Ἁγίας Εὐφημίας, τῆς Ἁγίας Σολομονῆς καί τῆς Ἁγίας Θεοφανοῦς, πρώτης συζύγου τοῦ αὐτοκράτορος Λέοντος ΣΤ´ τοῦ Σοφοῦ.
Ἡ τεχνουργημένη μὲ ἀργυρὸν λάρναξ τῆς Ἁγίας Εὐφημίας ξεχωρίζει. Εἰς τὰ ἀρχεῖα τοῦ Πατριαρχείου (κῶδιξ Δ´ ἔγγρ. 46) σῴζεται ἔγγραφον σύμφωνα μὲ τὸ ὁποῖον, ἐπὶ Πατριάρχου Γαβριὴλ Γ´ (1702-1707) καὶ συγκεκριμένα τῇ 11ῃ Ἰουλίου 1707, ὁ ἐν Κωνσταντινουπόλει Ῥῶσσος πρεσβευτὴς δωρίζει ποσότητα ξυλείας ἀπὸ κυπαρίσσια διὰ νὰ κατασκευασθοῦν τρεῖς λάρνακες τῶν ἱερῶν λειψάνων τῶν τριῶν ἁγίων γυναικῶν. Ἰδιαιτέρως διὰ τὴν μεγάλην μάρτυρα Εὐφημία μαρτυρήσασα ἐπί Διοκλητιανοῦ, ὁ ἴδιος Πατριάρχης Γαβριὴλ ὁ Γ´, σύμφωνα μὲ «Ἀπόδειξιν» ἐξαποσταλεῖσα εἰς τοὺς χριστιανοὺς Κωνσταντινουπόλεως τῇ 8ῃ Ἰουλίου 1704 (κῶδιξ Δ’, ἔγγρ. 25-26) ὁρίζει «ἵνα ἡ ἑορτὴ τῆς Ἁγίας Εὐφημίας τελεῖται ἐτησίως μετὰ πομπῆς ἐν τῷ Πατριαρχικῷ Ναῷ ἐν μέσῳ τιθεμένου τοῦ Ἱεροῦ λειψάνου της».
Ἐπίσης εἰς τὸν νότιον τοῖχον, παραπλεύρως τῆς ψηφιδωτῆς εἰκόνος τοῦ Προδρόμου εἶναι τοποθετημένον μέρος τῆς Στήλης τῆς φραγγελώσεως (ἤ τοῦ δαρμοῦ), τμῆμα δηλαδὴ ἀπὸ τὸν κίονα εἰς ὃν προσεδέθη καὶ ἐμαστιγώθη ὁ Χριστός.
Εἰς τὸ κεντρικὸν μέρος τοῦ ναοῦ εὑρίσκονται οἱ χοροὶ τῶν Ψαλτῶν, εἰς τὰς καθιερωμένας θέσεις, μὲ ὡραιότατα ἀναλόγια ἀπὸ σεντέφι (μάργαρον), διακοσμημένα μὲ εἰκόνας, (τὰ ἀναλόγια μετεφέρθησαν ἀπὸ τήν Ἱ. Μ. Παναγίας τῆς Καμαριωτίσσης Χάλκης τῇ 22ᾳ Αὐγούστου 1712), ὁ Πατριαρχικὸς Θρόνος μὲ τὸ Παραθρόνιον ἐν δεξιοῖς, ὅπου χοροστατεῖ ο Μ. Πρωτοσύγκελλος, ὅταν ὁ Πατριάρχης χοροστατεῖ εἰς ἕτερον ναόν.
Πρὸς τ᾽ ἀριστερὰ τοῦ πατριαρχικοῦ θρόνου βρίσκονται ἐν σειρᾷ τὰ ἐπίσημα στασίδιᾰθρόνοι τῶν Συνοδικῶν καὶ ἀπέναντι (ἐκεῖ ὅπου ἵσταντο παλαιότερον οἱ ἡγεμόνες τῆς Μολδοβλαχίας) τά στασίδια τῶν ἀρχόντων, τῶν πολιτικῶν ἐπισήμων, τῶν ἐκπροσώπων τῶν ξένων δογμάτων. Εἰς τὸν τρίτον κίονα τῆς βορείας κιονοστοιχίας ὑψώνεται ὁ ἱστορικὸς Ἄμβων.
Εἰς τοὺς τοίχους, βόρειον καὶ νότιον, καθὼς καὶ δυτικὰ τοῦ κεντρικοῦ κλίτους εἶναι τοποθετημένα τὰ στασίδια τῶν πιστῶν, ἐνῷ δυτικὰ καὶ μέχρις ἑνὸς σημείου βόρεια, ἀναπτύσσεται ὁ γυναικωνίτης. Εἰς τὴν βορείαν εἴσοδον διασῴζεται μέχρι σήμερον τὸ παγκάρι, κατεσκευασμένον καὶ διακεκοσμημένον ὑπὸ ἐγχρώμου ξύλου καρυδιᾶς καὶ συνδυασμῶν ἐλάσματος μετάλλου καὶ ἐλεφαντοστοῦ. Ὅπως πληροφορούμεθα ἀπὸ τὴν ἐπιγραφήν, ἥτις εὑρίσκεται πλαγίως καὶ εἶναι γεγραμμένη μὲ ἐλεφαντοστοῦν, τὸ παγκάριον τοῦτο ἐδωρήθη εἰς τὸν Πατριαρχικὸν Ναὸν τῷ 1669 ἀπὸ τὸν Μανουὴλ υἱὸν Πέτρου ἐκ Καστορίας. Δὲν ἀποκλείεται δωρητὴς νὰ ἦτο ὁ περιώνυμος Μανωλάκης ὁ Καστοριανός, γνωστὸς διὰ τὴν ἵδρυσιν καὶ οἰκονομικὴν στήριξιν σχολείων εἰς τὴν Χίον, τὴν Ἂρταν, τὸ Αἰτωλικὸν καὶ ἀλλαχοῦ.
Σήμερον αἱ μεγάλαι ἀργυραῖ κανδῆλαι αἵτινες κρέμονται ἀπὸ τὴν ὀροφήν, οἱ κρυστάλλινοι πολυέλαιοι, αἱ σειραὶ τῶν ξυλίνων στασιδίων μὲ τὸ ἐβένινον χρῶμα, τὸ περίτεχνον ξυλόγλυπτον παλαιὸν καί ὑψηλὸν τέμπλον, ἐξαγιάζουν παλαιαὶ εἰκόνες μὲ ἔκδηλα ἐπ᾽αὐτῶν τὰ σημεῖα τοῦ χρόνου· ἡ ἱστορικὴ ψηφιδωτὴ εἰκὼν Παναγίας τῆς Παμμακαρίστου, Παναγία ἡ Φανερωμένη ἀπὸ τὴν Κύζικο μὲ τὸ πληγωμένον πρόσωπον, ὁ ἀπέριττος Πατριαρχικὸς Θρόνος, ὅλα ἑρμηνεύουν τὸ μέτρον τοῦ λιτοῦ ὕφους τὸ ὁποῖον ἀποτελεῖ εἰς οὐσιώδη θέματα τὸ ἦθος καὶ τὴν δόξαν τῆς Ὀρθοδοξίας.
Πέραν τῆς ἱερότητος καὶ ἱστορικότητος τοῦ Πατριαρχικοῦ Ναοῦ, διασῴζονται ἐν αὐτῷ κειμήλια ἀνεκτιμήτου ἀξίας, ὅπως ὁ Πατριαρχικὸς Θρόνος, ὁ Ἄμβων καί αἱ εἰκόνες.
Ἀθανάσιος Παλιούρας