Παρθένιος ὁ Γ´ καταγήγετο ἑκ Μυτιλήνης καὶ διακρίνετο διὰ τὴ μόρφωσι καὶ τὴν ἀρετή του. Τὸ 1639 ἐξελέγη μητροπολίτης Χίου καὶ τῇ 31ῃ Ἰουλίου 1656 διεδέχθη εἰς τὸν οἰκουμενικὸ θρόνο τὸν Ἰωαννίκιο Β´. Ἐτίμησε τὸν Κύριλλο Λούκαρι μὲ μεγαλοπρεπῆ τελετὴ ταφῆς τῶν λειψάνων του, ἐνῷ συγκαλέσας σύνοδο ἐν Κωνσταντινουπόλη κατεδίκασε τὴν ὁμολογία Πέτρου Μογίλα ὡς ἀποκλίνουσα πρὸς τὸν ῥωμαιοκαθολικισμό. Ἐζήτησε δὲ οἰκονομικὴ ἐνίσχυση ἀπὸ τὴν Ῥωσία.
Τὰς δύο αὐτὰς κινήσεις του ἐξεμεταλλεύθησαν οἱ ἀντίπαλοι τοῦ πατριάρχου καὶ τὸν ἐσυκοφάντησαν ὡς συνωμότη ἐναντίον τῆς Τουρκίας. Ἂν καὶ ἀπεδείχθη ὅτι ἐπρόκειτο διὰ συκοφαντία, ὁ σουλτάνος τὸν ἐτιμώρησε μὲ ἀπαγχονισμὸ (1ῃ Ἀπριλίου 1657) εἰς τὴν Καγγελωτῆ Πύλη τῆς Κωνσταντινουπόλεως, (Παρμὰκ – καπί). Τὸ λείψανο τοῦ παρέμεινε κρεμασμένο ἐπὶ τρεῖς ἥμερας, ἐκακοποιήθη βαναύσως καὶ ἐῤῥίφθη εἰς τὴν θάλασσα. Ἐκεῖθεν τὸ ἀνέσυραν οἱ χριστιανοὶ καὶ τὸ ἔθαψαν ἐν τῇ ἱερᾷ μονῇ Καμαριωτίσσης ἐν Χάλκῃ. Ἢ Ἐκκλησία τὸν ἀνεκήρυξε ἱερομάρτυρα καὶ τιμᾷ τὴν μνήμη τοῦ τῇ 24ῃ Μαρτίου.