Καταγόταν ἀπὸ τὰ Ἰωάννινα. Προηγουμένως μητροπολί_της Ἀγχιάλου (1609-1623) καὶ Ἀδριανουπόλεως (1623-1639) ἐξελέγη στὸν οἰκουμενικὸ θρόνο τὸ 1639. Λόγιος καὶ μετριοπαθὴς ἄνδρας προσπάθησε νὰ μειώσει τὸ μίσος ἀνάμεσα στὶς δυὸ ἀντιμαχόμενες τότε παρατάξεις, τῶν ὑποστηριζομένων ἀπὸ τὸν πάπα καὶ τοὺς Ἰησουίτες φιλενωτικῶν καὶ τῶν ἀνθενωτικῶν ὀπαδῶν τοῦ Κυρίλλου Λουκάρεως, ἀλλὰ δὲν τὸ κατόρθωσε. Τὸ 1642 ἔστειλε τὸν Μελέτιο Συρίγο στὸ Ἰάσιο ὁ ὁποῖος συμμετεῖχε στὶς ἐργασίες της ὑπὸ τὸν μητροπολίτη Κιέβου Πέτρο Μογίλα συνόδου. Ἡ σύνοδος κατέληξε στὴν λεγομένη Ὀρθόδοξη Ὁμολογία, κείμενο ποὺ ὁ Πέτρος Μογίλας ἤθελε νὰ χρησιμοποιήσει γιὰ νὰ προφυλάξει τοὺς Ρώσους ἀπὸ τὶς καλβινιστικὲς κυρίως θέσεις ποὺ προωθοῦσε τότε ἡ ψευδολουκάρειος ὁμολογία ἀλλὰ καὶ ἀπὸ τὶς ρωμαιοκαθολικὲς κακοδοξίες. Μὲ διορθώσεις ποὺ ἐπέφερε στὸ ἀρχικὸ κείμενο ὁ Μελέτιος Συρίγος ἀπομακρύνθηκαν οἱ περισσότερες λατινικὲς ἀποκλίσεις τῆς Ὁμολογίας ἐνῶ τὴν ἑλληνικὴ μετάφραση ποὺ ἐκπόνησε ὁ αὐτὸς πατριαρχικὸς ἀπεσταλμένος ἐνέκρινε τελικῶς ὁ πατριάρχης μὲ σύνοδο ποὺ συγκάλεσε τὸ ἴδιο ἔτος στὴν Κωνσταντινούπολη.

Ὃ Παρθένιος δὲν καταδίωξε τὴν παράταξη τῶν φιλολουκαρικῶν, ἡ ὅποια ἄλλωστε εἶχε ὑποστηρίξει τὴν ἐκλογή του, ἀλλὰ μὲ τὴν πολιτικὴ ποὺ ἀκολούθησε ἐνίσχυσε τὴν ἐπιρροὴ τῶν ρωμαιοκαθολικῶν στὴν Κωνσταντινούπολη. Μάλιστα τὸ 1644 ὁ οὐνίτης ἰεραπόστολος Πανταλέων Λιγαρίδης ἵδρυσε στὸ Πέραν ἐλληνοκαθολικὴ σχολή. Πάντως τὸ 1643 μὲ ἐπιστολὴ τοῦ στὸν βασιλέα τῆς Γαλλίας Λουδοβίκο ΙΔ’ ὑποστήριζε πὼς οἱ δογματικὲς διαφορὲς μεταξὺ τῆς ρωμαιοκαθολικῆς καὶ τῆς ὀρθόδοξης Ἐκκλησίας δὲν ἐπιτρέπουν τὴν ἔνωση. Τὸ 1645 ἐξορίστηκε στὴν Κύπρο καὶ μετὰ ἀπὸ ἕνα χρόνο στὴ Χίο ὅπου τὸν δολοφόνησαν.