Τρεῖς ἡμέρας μετὰ τὴν τοῦ Εὐτυχίου καθαίρεσιν, ὁ αὐτοκράτωρ προεβάλετο πατριάρχην Ἰωάννην τὸν πρεσβύτερον καὶ ἀποκρισιάριον τοῦ πατριάρχου τῆς Ἀντιοχείας ἐν Κωνσταντινουπόλει, χειροτονηθέντα φαίνεται τῇ 15ῃ Ἀπριλίου τοῦ 565.
Ὁ πατριάρχης Ἰωάννης Γ´ ὁ ἀπὸ Σχολαστικῶν ἐγεννήθη ἐν τῇ κώμῃ τοῦ Σιρίμιος, ἔξω τῆς Ἀντιοχείας κειμένη, μετερχόμενος δὲ κατ᾽ ἀρχὰς τὸ ἐπάγγελμα τοῦ δικηγόρου κατετάχθη ἀκολούθως ἐν τῷ κλήρῳ, χειροτονηθεὶς διάκονος καὶ πρεσβύτερος ὑπὸ Δομνίου Β´ (443-450) πατριάρχου Ἀντιοχείας καὶ διαπρέψας ἅμα μὲν διὰ τὴν ἀρετήν, ἅμα δὲ καὶ διὰ τὴν παιδείαν αὐτοῦ. Συμεὼν ὁ Θαυμαστορείτης προεῖπεν αὐτῷ τὴν πατριαρχείαν Κωνσταντινουπόλεως καὶ ἅμα ὅτι μεθ᾽ Ἰουστινιανὸν Ἰουστῖνος ἔσται βασιλεύς· ὁ Ἰωάννης ἐλθὼν εἰς Κωνσταντινούπολιν δι᾽ ὑποθέσεις ἐκκλησιαστικὰς τὴν προφητείαν ἐπηγγείλατο ταύτην τῷ κουροπαλάτῃ Ἰουστίνῳ· ὅς ἀνέδειξε πατριάρχην, μετὰ τὸν Εὐτύχιον τὸν Ἰωάννην τοῦτον, ῥαδιουργίᾳ πολλῇ παρὰ τῷ Μ. Ἰουστινιανῷ χρησάμενος.
Διώκησε τὴν Ἐκκλησίαν κατὰ μὲν τοὺς ἐπίτομους πατριαρχικοὺς καταλόγους τοῦ Νικηφόρου Καλλίστου καὶ τοῦ Λεουγκλαβίου ἔτη δώδεκα καὶ μῆνας ἕξ, κατὰ δὲ τὸν τοῦ πατριάρχου Νικηφόρου τοσαῦτα μὲν ἔτη, μῆνας δὲ ἑπτά· δηλονοῦν μέχρι Νοεμβρίου τοῦ 577. Ἀκολουθῶ τῷ Θεοφάνει, γράφοντι ὅτι ὁ πατριάρχης Ἰωάννης ἀπεβίωσε τῇ 31ῃ Αὐγούστου τοῦ ἔτους τούτου.
Εὐτυχῶς, ὀλίγον χρόνον μετὰ τὴν εἰς τὸν θρόνον ἀνάῤῥησιν τοῦ πατριάρχου Ἰωάννου Γ´, ἀπέθανεν ὁ Ἰουστινιανὸς Α´, βασιλεύσας ἔτη τριάκοντα ὀκτὼ καὶ μῆνας ἑπτά, ὁ δὲ διάδοχος αὐτοῦ Ἰουστῖνος Β´ ἀνεδείχθη τῶν δικαίων τῆς Ἐκκλησίας ὑπερασπιστὴς ἔνθερμος· ἀναβὰς τὸν θρόνον ἔπεμψεν ἀμέσως εἰς Αἴγυπτρν τὸν ἀββᾶν Φωτεινόν, δοὺς αὐτῷ τὴν ἐντολὴν νὰ εἰρήνευσῃ τὰς τεταραγμένας ἐκκλησίας Ἀλεξανδρείας καὶ πάσης τῆς Αἰγύπτου. Ἐκτίσθησαν δ᾽ ὑπὸ τοῦ αὐτοκράτορος τούτου, κατὰ τὴν τοῦ Ἰωάννου Γ´ πατριαρχείαν πολλοὶ ναοὶ καὶ μοναστήρια, ἐκαλλωπίσθη δὲ ἡ Ἁγία Σοφία, ὁ ναὸς τῶν Ἁγίων Ἀποστόλων καὶ ἄλλοι ναοί, κτισθέντες ὑπὸ τοῦ θείου αὐτοῦ Ἰουστινιανοῦ Α´ καὶ ἐπροικίσθησαν διὰ πολλῶν κτημάτων προσοδοφόρων. Τῷ 569 ἐκτίσθη ὑπὸ τοῦ Ἰουστίνου ὁ ναὸς τῶν ἁγίων Ἀναργύρων «ἐν τοῖς Δαρείου»· ὑπὸ δὲ τοῦ ἀρχιθαλαμηπόλου αὐτοῦ Ναρσοῦ ἡ μονὴ τῶν Καθαρῶν· τῷ 571 ὁ ναὸς τῶν ἁγίων Ἀποστόλων Πέτρου καὶ Παύλου ἐν τῷ Ὀρφανοτροφείῳ, πλησίον τοῦ σήμερον καλουμένου Γιαλὴ κιοσκιοῦ· τότε προσέθηκεν ὁ Ἰουστῖνος εἰς τὸν ναὸν τῶν Βλαχερνῶν δύο ἁψίδας, καὶ κατέστησεν οὕτω τὴν ἐκκλησίαν ταύτην «σταυρωτήν»· τῷ 577 τέλος ἐπεσκεύασεν, ὡς φαίνεται, διότι ἔκτισεν αὐτὸν πρὸ πολλοῦ ἡ Πουλχερία, τὸν ναὸν τῆς Θεοτόκου τῶν Χαλκοπρατείων.
Ἐπὶ τοῦ πατριάρχου τούτου τῷ 573 Ἰουστινιανὸς ὁ Β´ ἐτύπωσεν ἵνα ψάλληται κατὰ τὴν Μ. Πέμπτην «τοῦ Δείπνου σου τοῦ Μυστικοῦ» κατ᾽ αὐτὸ δὲ τὸ ἔτος ἢ τῷ 574 ἐκομίσθη ἐκ Καμουλιανοῦ μία τῶν ἀχειροποιήτων εἰκόνων τοῦ Σωτῆρος, ἐτυπώθη δὲ ἵνα ψάλληται κατὰ τὰς λειτουργίας ὁ χερουβικὸς ὕμνος.
Ἡ ἀνατολικὴ ὀρθόδοξος Ἐκκλησία γεραίρει τὴν μνήμην τοῦ πατριάρχου Ἰωάννου Γ´ τῇ 30ῃ Αὐγούστου.
Μανουήλ Ι. Γεδεών
«Πατριαρχικοὶ πίνακες»