Ἡ πατριαρχεία του διήρκησε ἀπὸ τὸ 706 μέχρι τὸ 711. Τὰ χρόνια ἐκεῖνα ἡ Ἐκκλησία καὶ τὸ Κράτος ἐτάρασσαν αἱ αἱρέσεις τοῦ Μονοφυσιτισμοῦ καὶ τοῦ Μονοθελητισμοῦ, παρὰ τὴν καταδίκη τους ἀπὸ τὴν Δ΄ καὶ Στ΄ Οἰκουμενικὴ Σύνοδο.
Οἱ ὀπαδοὶ τῶν αἱρέσεων αὐτῶν ἦσαν πολλοὶ ἐν Συρίᾳ, Αἰγυπτῳ, Μεσοποταμίᾳ, Ἀρμενίᾳ, καὶ Περσίᾳ, καὶ ἐβοήθησαν τοὺς Ἄραβας εἰς τὴν κατάκτησι τῶν χωρῶν αὐτῶν καὶ τὴν ἀπόσπασί τους ἀπὸ τὸ Βυζάντιο.
Ἐνῷ ὅμως ἡ ἀνάκτησίς τους ἦτο ἀδύνατος, ὑπῆρχε μερίδα κυρίως αἱρετικῶν ἀνθρώπων, ἥτις ἐπέμενε ὅτι ἦτπ δυνατὸ νὰ ἀνακτηθοῦν ςἱ χῶρες ἐκεῖναι, ἐὰν τὸ Βυζάντιο καταργοῦσε τὰς δυσμενεῖς διὰ Μονοφυσίτας καὶ Μονοθελητὰς ἀποφάσεις τῆς Δ΄ καὶ Στ΄ Οἰκουμενικῆς Συνόδου, πρᾶγμα ὃ δυστυχῶς συνέβη παρὰ τοῦ αὐτοκράτορος Φιλιππικοῦ. Ὁ Πατριάρχης Κῦρος ἀντεστάθηκε σθεναρῶς τῇ διαταγῇ τοῦ αὐτοκράτορος, ἀποτελέσματι αὐτὸς νὰ τὸν ἐκθρονήσῃ καὶ νὰ τὸν ἐγκλείσῃ τῇ Μονῇ τῆς Χώρας.
Ἐκεῖ ὁ Κῦρος ἐτελείωσε τὴν ζωήν του, περιφρονήσας τὴν ἀπειλὴ τοῦ ἀσεβοῦς αὐτοκράτορος, δεχθεὶς τὸ διωγμό του καὶ ὢν ἕτοιμος νὰ δεχθῇ καὶ τὸ θάνατο.