Διεδέχθη εἰς τὸν θρόνον τῆς Κωνσταντινουπόλεως μελλοθάνατον τὸν ἐθνομάρτυρα Γρηγόριον τὸν Ε´. Ἐγεννήθη ἐν Φιλιππουπόλει περὶ τὸ 1780. Ἧτο ἄνθρωπος μετρίας μορφώσεως, χρηστοήθης, ἐπιβλητικὸς καὶ δραστηριώτατος. Ἀναμεμιγμένος εἰς πᾶσαν φιλανθρωπικὴν κίνησιν ἐχειροτονήθη μητροπολίτης Πισιδίας, ὁλίγον πρὶν ἐκραγεῖ ἡ Ἑλληνικὴ ἐπανάστασις, καὶ ἐθεωρεῖτο ἐκ τῶν ἐμπίστων τοῦ Γρηγορίου.
Ἐκ τούτου παρεξηγήθη ὑπὸ πολλῶν ἡ διαγωγή του, ὅταν ἀπεδέχθη τὴν τρομερᾶν διαδοχήν. Ὅλως ἀδίκως ὅμως, διότι οὐδεὶς τῶν συνηγμένων συνοδικῶν ἀρχιερέων ἐτόλμα ν᾽ ἀποδεχθῇ τὴν πατριαρχείαν. Πολλοί, μετὰ δακρύων παρεκάλουν τὸν παριστάμενον μέγαν διερμηνέα Σταυράκην Ἀριστάρχην νὰ μὴν ἐπιμείνῃ εἰς τὴν ἄμεσον ἐκλογήν, ἐπειδὴ ἐζήτουν νὰ κερδίσουν χρόνον ὥστε νὰ σῴσουν, εἰ δυνατόν, τὸν μόλις καθαιρεθέντα Γρηγόριον.
Ἀλλὰ ἡ Πύλη ἠπείγετο νὰ ἐκλεγῇ ὁ νέος πατριάρχης, διὰ νὰ καταστῇ ἀναμφισβήτητος ἡ ἔκπτωσις τοῦ Γρηγορίου καὶ τοιουτοτρόπως νὰ τιμωρηθῇ ὡς ἁπλῶς καλόγηρος καὶ οὐχὶ ὡς πατρίκ-ἐφένδης, πρὸς ἀποτροπὴν διπλωματικῶν ἐπεισοδίων. Πάντες λοιπὸν ἀπεποιοῦντο. Ἡ ἐκλογὴ καθίστατο ἀδύνατος. Καὶ ὅταν ἔντονος ἔφθασεν ἀπὸ τὴν Πύλην διαταγὴ διὰ τὴν ἄμεσον ἐκλογήν, μόνος ὁ ἀπὸ Πισιδίας ἠγέρθη καί, ἄνθρωπος τῶν ἀποφάσεων, ἐδήλωσεν; Ἐγὼ δέχομαι τὴν πατριαρχείαν.
Δια τὸν λόγον τοῦτον ἔγινε ἀντικείμενον ἐξαιρετικῶν τιμῶν ἀπὸ τὸν μέγαν Βεζύρην Μεντερλή-Ἀλὶ πασὰν καὶ ἰδίως ἀπὸ τὸν περιβόητον Χαλὲτ ἐφέντην. Εἰς τὰ πατριαρχεία ὅμως, μετὰ δέους ἐγένετο δεκτός. Ἄλλωστε, ὁλίγον μετὰ τὴν ἐπιστροφήν του, ὡδηγήθη καὶ ὁ Γρηγόριος διὰ νὰ μαρτυρήσῃ ἀπαγχονιζόμενος εἰς αὐτὴν τὴν πύλην τῶν πατριαρχείων.
Ἡ 10η Ἀπριλίου 1821, ἡμέρα τρομακτικὴ διὰ τὴν Ἐκκλησίαν, εἶδεν ἐν τούτοις τὸν Εὐγένιον ἀγωνιζόμενον νὰ περισώσῃ τὸ λείψανον τοῦ πατριάρχου, ὑπὲρ ἀναπαύσεως τῆς ψυχῆς τοῦ ὁποίου δὲν ἔπαυσε δεόμενος. Μετὰ ἕνα περίπου μῆνα καὶ ὁ ἴδιος ἐκινδύνευσε νὰ φονευθῇ καθ᾽ ὁδὸν ἀπὸ τὸ μαινόμενον πλῆθος.
Κατ᾽ Αύγουστον τοῦ 1821 ἀπέλυσεν ἐπιστολὰς πρός τινας ἀρχιερεῖς, ἀγγέλλων ὅτι ἡ τουρκικὴ κυβέρνησις ἀπονέμει ἀμνιστείαν εἰς ἐκείνους τῶν ἐπαναστατῶν, ὅσοι μεταμεληθέντες ἐπανέλθουν εἰς τὴν ὁδὸν τῆς εὐπειθείας καὶ ὑποταγῆς. Ἐπὶ τῇ αἰτήσει τῶν Κυπρίων ὅπως, ἀντὶ τῶν ἀπαγχονισθέντων τεσσάρων ἀρχιερέων αὐτῶν, χειροτονήσῃ ἑτέρους, ὁ Εὐγένιος, τῇ 28ῃ Σεπτεμβρίου 1821, παρεκάλεσε τὸν Ἀντιοχείας Σεραφεὶμ ν᾽ ἀναδεχθῇ ἐκεῖνος τὸ βάρος τοῦτο, ὅπερ καὶ ἐγένετο.
Ἔκτοτε, παλεύων διὰ ν᾽ ἀναχαίτισῃ τὰς σφαγᾶς, ἡττήθη εἰς τὸν ἀγώναν του, ἀπώλεσε τὸ σθένος του, καὶ τέλος, ἀφοῦ ἐπατριάρχευσεν ἐπὶ δέκᾳ ἕξ μήνας, ταραχωδεστάτους καὶ αἱματηρούς, ἀπέθανεν ἐκ καρδιακοῦ νοσήματος τὸν Ἰούλιον τοῦ 1822.
