Ἡ Παναγία τῆς Σούδας, ξυλόστεγη βασιλική, χτισμένη στὸν ἴδιο τόπο ὅπου, σὲ χρόνους περασμένους, ὑπῆρχε ὁ Βυζαντινὸς ναὸς (13ος αἰών) τοῦ Ἁγίου Νικήτα, κοντὰ στὰ ἀνάκτορα τῶν Βλαχερνῶν καὶ τῆς Πύλης Ἐγρὶ Καποῦ, ἀνακαινίσθηκε τὸ 1999 ἀπὸ τὸν Ἰωάννη Ἀνδρόπουλο.
Ἡ εἴσοδος ὡστόσο καὶ τὸ ξύλινο κτίσμα ποὺ ὑπάρχει παραπλεύρως ἔχουν καταστραφεῖ ὁλοσχερῶς ἀπὸ φωτιά.
Γνωρίζουμε ὅτι ὁ ναὸς εἶχε πυρποληθεῖ διαδοχικοί, τὸ 1640 καὶ τὸ 1728. Στὴν τελευταία πυρκαγιὰ ἀναφέρεται καὶ ἐπίσημο ὀθωμανικὸ ἔγγραφο ποὺ ἐπιτρέπει τὴν ἐπισκευή, μὲ τὴν αἰτιολογία ὅτι «ἀπὸ τῆς ἁλώσεως ἡ ἐκκλησία αὔτη ἔμενεν εἰς τὴν κυριότητα τῶν ὀρθοδόξων γραικῶν».
Στὴν Παναγία τῆς Σούδας, στὸν περίβολο, λειτουργοῦσε Ἑλληνικὴ Σχολὴ καθὼς καὶ ἰατρεῖο-φρενοκομεῖο.
Κάτω ἀπὸ τὸ Ἱερὸ Βῆμα τῆς ἐκκλησίας ὑπάρχει ἁγίασμα, στὸ ὁποῖο κατεβαίνει κανεὶς ἀπὸ 14 πέτρινα σκαλιά. Εἶναι ἕνας χῶρος μὲ θολωτὴ ὀροφή, μαρμάρινο δάπεδο καὶ μαρμάρινη δεξαμενὴ τοῦ ἁγιάσματος. Κατὰ τὸν Γεδεὼν πρόκειται γιὰ λείψανο βυζαντινοῦ λούσματος.
Τὸ ψυχιατρεῖο τοῦ ἐκκλησιαστικοῦ συγκροτήματος ποὺ λογιζόταν
ἄμισθον ὄντως ἰατρεῖον τυγχάνων
νέος Σιλωὰμ πᾶσι τοῖς ἀφιγμένοις
ὅπως ἀναφέρεται σὲ ἐπιγραφή, καὶ ποὺ σ᾽ αὐτὸ προσέτρεχαν οἱ δυστυχεῖς φρενοβλαβεῖς, ἔπαυσε νὰ λειτουργῇ τὸν Φεβρουάριο τοῦ 1839.