Τιμόθεος ὁ Β´ ἦτο ἐκ τῆς Πανόρμου τῆς Κυζικηνῆς χερσονήσου τῇ καταγωγῇ. Διεδέχθη εἰς τὸν οἰκουμενικὸ θρόνο Νεόφυτο τὸν Β´ (Νοέμβριος 1612) μετὰ ἀπὸ ὁλιγοήμερη τοποτηρητεία Κυρίλλου τοῦ Λουκάρεως. Τῷ 1614 ἐπεσκεύασε τὸν ναὸ τοῦ Ἁγίου Γεωργίου ὅπου ἀπὸ τὸ 1601 εἶχε μεταφερθεῖ ἡ ἕδρα τοῦ Πατριαρχείου. Εὐσεβὴς καὶ δραστήριος εἰς μίαν ἐποχὴ ὅπου ἡ ὀρθόδοξος Ἐκκλησία ἐδοκιμάζετο ἀπὸ τὴν δράση τῶν Ἰησουϊτῶν. Ἐδηλητηριάσθη καὶ οὔτως ἀπέθανε τῇ 3 Σεπτεμβρίου τοῦ 1620.