Ὑπάρχων ἀνιψιὸς τοῦ πατριάρχου Μητροφάνους Γ´, κατέστη Μητροπολίτης Φιλίππουπόλεως καὶ τιμώμενος παρὰ τοῦ πατριάρχου Ἰερεμίου Β´ ἐντούτοις συνωμότησε ἐναντίον του συνεργαζόμενος τῷ Παχώμιῳ, ὃν καὶ διεδέχθη εἰς τὸν οἰκουμενικὸ Θρόνο μετὰ τὴν καθαίρεσί του (16ῃ Φεβρουαρίου 1585).
Ἐνῷ ὁ Θεόληπτος ἔλειπε εἰς τὴν Μολδαβία ὁ Νικηφόρος, διάκονος τοῦ ἐξόριστου πατριάρχου Ἰερεμίου καὶ τοποτηρητὴς τοῦ Θρόνου ἀπὸ τὸν Μάϊο τοῦ 1586 ὡς τὸν Ἀπρίλιο τοῦ 1587, κατώρθωσε τελικῶς νὰ τὸν ἐκθρονίσῃ. Μετὰ τὴν ἐπάνοδο τοῦ Ἰερεμίου (τῷ Ἀπριλίῳ 1587) ὁ Θεόληπτος συνεχωρήθη συνοδικῶς καὶ ἀνέλαβε ἀποστολὴν εἰς τὴν Ἰβηρία μὲ σκοπὸ τὴν συγκέντρωση οἰκονομικῆς βοήθειας ὑπὲρ τοῦ ὑπερχρεωμένου ἐκκλησιαστικοῦ ταμείου.
Ὑπῆρξε ὁ τελευταῖος πατριάρχης, ἔχων ὡς ἕδρα του τὴν Ἱερὰ Mονὴ τῆς Παμμακάριστου, ἡ ὁποία τῷ 1586 μετετράπη εἰς τζαμὶ ἐνῷ τὸ Πατριαρχεῖο μετεφέρθη εἰς τὴν φτωχικὴ ἐκκλησία τῆς Θεοτόκου εἰς τὸ Βλάχ-Σεράϊ ὅπου παρέμεινε διὰ ἕνδεκα χρόνια ὡς τὸ 1597.
