Ὁ Ἀθανάσιος διεδέχθη εἰς τὸν πατριαρχικὸ θρόνο τὸν Γρηγόριο Γ´ Μάμμα ἢ τῆς Μαμμῆς, ὁ ὁποῖος ἦτο ὀπαδὸς τῆς «ἑνώσεως» τῆς Ὀρθοδοξίας μὲ τὸν Ῥωμαιοκαθολισμό, ὅπως αὕτη διεκηρύχθη ὑπὸ τῆς συνόδου Φερράρας – Φλωρεντίας, καὶ εἶχε προκαλέσει τὰς ἀντιδράσεις τῶν ἀνθενωτικῶν.
Ὁ Ἀθανάσιος ἦτο μέχρι τῆς ἐκλογῆς του ἡγούμενος τῆς μονῆς Περιβλέπτου, ἐξελέγη δὲ Πατριάρχης παρὰ τῆς ἐν τῷ ναῷ τῆς Ἁγίας Σοφίας γενομένης συνόδου τῷ 1450, ἐν ᾗ συμμετεῖχον καὶ οἱ θρόνοι Ἀλεξανδρείας, Ἀντιοχείας καὶ Ἱεροσολύμων. Κατὰ τὰ πρακτικὰ τῆς συνόδου, ὁ Ἀθανάσιος ἐχειροτονήθη Πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως ὑπὸ τῶν μητροπολιτῶν Κυζίκου, Νικομηδείας καὶ Νικαίας.
Ὡστόσο Λέων ὁ Ἀλλάτιος ἀμφεσβήτησε τὴν γνησιότητα τῶν πρακτικῶν τῆς συνόδου ταύτης καὶ ἡ σύγχρονος ἔρευνα εὑρίσκεται διχασμένη· διὰ τοῦτο καὶ ἀκόμη καὶ ἡ ὕπαρξις τοῦ πατριάρχου Ἀθανασίου ἀμφισβητεῖται ὑπό τινων.
Ἐν τοῦτοις, ἡ σύνοδος τῆς Ἁγίας Σοφίας δὲν πρέπει νὰ ἀμφισβητηθῇ, διατὶ ἐκφράζει τὰς τάσεις τῶν ἀνθενωτικῶν, ἀλλὰ αἱ ἀποφάσεις της δὲν ἔγιναν καθολικῶς ἀποδεκταί, ἀντιδρούντων τῶν ἑνωτικῶν μὲ ἐπικεφαλὴ τὸν Πατριάρχη Γρηγόριο Μάμμα. Τούτου ἔνεκα, ὑπάρχει ἀσάφεια καὶ ὡς πρὸς τὸν χρόνο τῆς πατριαρχίας τοῦ Ἀθανασίου. Ἡ σύγχυσις ὅμως αὕτη ἐπαρκεῖ διὰ νὰ κλονίσῃ τὴν γνησιότητα τῆς συνόδου τῆς Ἁγίας Σοφίας, τῆς τελευταίας συνόδου κατὰ τὴν Βυζαντινὴν περίοδο.
