Γνωστὸς καὶ ὡς Ξανθόπουλος διεδέχθη εἰς τὸν οἰκουμενικὸ θρόνο τὸν Γεννάδιο μετὰ τὴν παραίτησί του τῷ Μαΐῳ τοῦ 1456 καὶ παρέμεινε ἕως τὴν 31ην Μαρτίου 1462 ὁπότε ἀπέθανε. Ὃ Ἀθανάσιος Κομνηνὸς Ὑψηλάντης ἀναφέρει τὰ ἑξής·
«Παραιτησαμένου οὗν τοῦ κὺρ Γενναδίου ἀνεβιβάσθη ψήφῳ καὶ δοκιμασίᾳ τῆς τοπικῆς Συνόδου εἰς τὸν Οἰκουμενικὸν Θρόνον ὁ ἱερομόναχος καὶ πνευματικὸς Ἰσίδωρος, ὁ ἀπὸ τῶν Ξανθοπούλων, κοινὸς καὶ ἀγαπητὸς πατὴρ παρὰ πάντων τῶν πολιτῶν ἐπιλεγόμενος, χειροτονηθεὶς ἐν τῷ ναῷ τῆς Παμμακαρίστου ὑπὸ τὲ τοῦ Ἡρακλείας καὶ τῶν παρευρεθέντων ἀρχιερέων καὶ λαβὼν παρὰ τοῦ Σουλτὰν Μεχμέτη τὰ συνήθη τῶν δώρων ἔτυχε τῆς αὐτῆς δεξιώσεως ὡς καὶ ὁ προκάτοχός του».

Δὲν ἔχουμε πληροφορίας διὰ τὸ ἔργο του ἐκτὸς ἀπὸ μία πράξι ἀφορῶσα τοὺς ὀρθοδόξους τῆς Βενετίας ἀλλὰ τὸ γεγονὸς ὅτι πατριάρχευσε ἀπροσκόπτως ἐπὶ ἕξι συναπτὰ ἔτη σημαίνει, ὅπως παρατηρεῖ ὁ Τ. Γριτσόπουλος, ὅτι «μέσα εἰς τὴν γενομένην θύελλαν ὁ σεμνὸς πατριάρχης ἐπετέλεσε τὸ καθῆκον αὐτοῦ καὶ συνεκράτησε τὸν θεσμὸν ὅσον καὶ ἂν ἧτο σκληρὸν διὰ αὐτὸν νὰ διαδεχθῇ ἕνα Γεννάδιον Σχολάριον».