Ἰωάννης ὁ ΙΓ´ ἦτο σημαντικὴ προσωπικότης τοῦ δημόσιου βίου τῆς αὐτοκρατορίας. Πρὸ τῆν ἐκλογῆς του εἰς τὸν πατριαρχικὸ θρόνο, εἶχε τιμηθεῖ μὲ τὸ ὑψηλὸ ἀξίωμα τοῦ λογοθέτου τοῦ δρόμου.

Ἦτο ἔγγαμος καὶ προωθήθη εἰς τὸν πατριαρχικὸ θρόνο, ἀφοῦ ἔλαβε τὸ διὰ σωφροσύνην διαζύγιο καὶ ἡ σύζυγος του ἠσπάσθη τὸν μοναχικὸ βίο. Ἡ πατριαρχία του ὑπῆρξε σύντομος, καθὼς ἠναγκάσθη εἰς παραίτησιν διὰ λόγους ὑγείας καὶ ἐφησυχασμόν ἐν τῇ μονῇ Κυριωτίσσης. Σῳ/ζονται ἡ παραίτησίς του ἀπὸ τὸν θρόνο, ἡ διαθήκη του καὶ ἀποσπάσματα ἐπιστολῶν, ὁρισμένα ἐκ τῶν ὁποίων εἶναι ἀνέκδοτα.