Ἡ πατριαρχεία του ὑπῆρξε σύντομος, γιατὶ καθῃρέθη ἀπὸ δύω συνόδους, μία ἐν Ἱεροσολύμοις καὶ δευτέρα ἐν Κωνσταντινουπόλει. Μετὰ τὴν ἐκθρόνισί του ἀπεκαταστάθη εἰς τὸν πατριαρχικὸ θρόνο Ἱερεμίας ὁ Α´, ὁ δὲ Ἰωαννίκιος κατέφυγε εἰς τὴν μονὴν τοῦ Προδρόμου τῆς περιοχῆς Σῳζοπόλεως, ὅπου καὶ ἀπέθανε.