Προηγουμένως διετέλεσε μητροπολίτης Ἀθηνῶν (1597-1602) καὶ διαδέχθη εἰς τὸν οἰκουμενικὸ θρόνο τὸν ἀντίπαλό του Ματθαῖο Β´ (3ῃ Ἀπριλίου 1602). Τὸν Ἰανουάριο τοῦ 1603 ἐπαύθη κατηγορούμενος διὰ διάφορα σκάνδαλα. Ἐξωρίσθη εἰς Ῥόδο καὶ ἀπὸ ἐκεῖ εἰς τὴν μονὴ τοῦ Σινᾶ.

Ἐπανῆλθε εἰς τὸν θρόνο τῇ 15ῃ Ὀκτωβρίου τοῦ 1607, ὀποῦ καὶ παρέμεινε πέντε χρόνια. Ἐρύθμισε διάφορα ζητήματα διοικητικῆς φύσεως καὶ κανονικοῦ δικαίου (π.χ. συνοδικῇ ἀποφάσει τοῦ 1609 οἱ λόγοι διαζυγίου προσηρμόσθησαν εἰς τὰς συνθῆκας ζωῆς ὅπως εἶχον διαμορφωθεῖ ἀπὸ τὴν τουρκικὴ κατοχή). Διὰ νὰ βελτιώσῃ τὰ οἰκονομικὰ τοῦ Πατριαρχείου ἐπέβαλε διὰ συνοδικοῦ τόμου ἔκτακτο ὑποχρεωτικὴ εἰσφορὰ τῶν ἀρχιερέων οἵτινες ὑπάγονταν εἰς τὴν δικαιοδοσία του, ἐνῷ ἐπίσης ἐπεσκεύασε τὸν πατριαρχικὸ οἶκο.

Γενικῶς ἠκολούθησε φιλοπαπικὴ καὶ ἀντιτουρκικὴ πολιτική. Τῇ 6ῃ Αὐγούστου τοῦ 1608 ἀπέστειλε εἰς τὸν πάπα Παῦλο Ε´ ὁμολογία πίστεως μετὰ τῆς ὁποίας ἀνεγνώριζε τὸ παπικὸ πρωτεῖο καὶ τὰ καινοτομηθέντα δόγματα τῆς ῥωμαιοκαθολικῆς Ἐκκλησίας. Τῷ 1609 δι᾽ ἐπιστολῆς του πρὸς τὸν βασιλέα τῆς Ἰσπανίας Φίλιππο Γ´ ἐζήτησε τὴν ἀνάληψι ἐκστρατείας διὰ τὴν ἀπελευθέρωσι τῶν ὀρθοδόξων ἀπὸ τοὺς Τούρκους. Αἱ συνεννοήσεις του μὲ τοὺς Ἰησουΐτας Ἱεραπόστολους καὶ τὸν πάπα καὶ ἡ ἐν γένει φιλολατινικὴ στάση του καθὼς καὶ ἡ σκληρὰ τακτικὴ ποὺ ἐφάρμοσε εἰς οἰκονομικὰ ζητήματα προυκάλεσαν τὴν λαϊκὴ ἀγανάκτησι, ἄλλα καὶ δημιούργησαν ἐπώνυμους ἐχθρούς. Ἰσχυρότεροι αὐτῶν ἦσαν Κύριλλος ὁ Λούκαρις καὶ Μάξιμος ὁ Πελοποννήσιος, οἱ ὁποῖοι ἐκμεταλλεύτηκάν τὰς ἀντιτουρκικάς του ἐνεργείας διὰ νὰ τὸν ἐκδιώξουν ἀπὸ τὸν οἰκουμενικὸ θρόνο. Κατὰ τὸν Ὀκτώβριο τοῦ 1612 ἀπεφασίσθη δευτέρα ἐξορία του εἰς Ῥόδο. Ἡ ἀπόφασις ὅμως αὕτη δὲν ἐξετελέσθη, διότι πατριάρχης ἐξελέγη ὁ προστατευόμενός του Τιμόθεος Β´, ὁ ὁποῖος τὸν ἐκράτησε ἐν Κωνσταντινουπόλει.