Ὁ Μητροφάνης διεδέχθη εἰς τὸν Πατριαρχικὸν Θρόνο Ἰωσὴφ τὸν Β´, ὁ ὁποῖος εἶχε ἀποθάνει κατὰ τὴν Σύνοδο τῆς Φλωρεντίας τῷ 1439, μετὰ ἀπὸ πρότασι τοῦ αὐτοκράτορος Ἰωάννου Παλαιολόγου νὰ ὑποστηρίξῃ τὰς ἀποφάσεις τῆς ἑνωτικῆς Συνόδου τῆς Φλωρεντίας.

Ἀπεκηρύχθη ἀπὸ τοὺς ἀνθενωτικοὺς ἀρχιερεῖς τοῦ Πατριαρχικοῦ Θρόνου (Ἐφέσου Μάρκον, Ἠρακλείας Ἀντώνιον κ.ἄ.) καὶ ἀπεδοκιμάσθη παρὰ τῆς Συνόδου τῶν Ἱεροσολύμων τῷ 1443, ἡ ὁποία κατεδίκασε τὴν ἑνωτικὴ Σύνοδο. Ἀπέθανε τῷ 1443.