Προήρχετο ἀπὸ τὰς τάξεις τοῦ μοναχισμοῦ, ἦτο κάτοχος ἀξιολόγου παιδείας. Ἐχειροτονήθη μητροπολίτης Κυζίκου τῷ 1387 κατὰ τὴν πατριαρχεία τοῦ πνευματικοῦ του γέροντος Νείλου.
Τῇ εὐνοίᾳ τοῦ αὐτοκράτορος Μανουὴλ Β´ τοῦ Παλαιολόγου, ἀνεδείχθη Οἰκουμενικὸς Πατριάρχης τῷ 1397. Ἐἰς τὴν ἐκλογὴν ἀντέδρασαν οἱ ἀντίπαλοί του· Μακάριος Ἀγκύρας καὶ Ματθαῖος Μηδείας, οἱ ὁποῖοι τὸν καθῃρέθησαν διὰ Πατριαρχικῆς Συνόδου τῷ 1405.
Ὁ πατριάρχης Ματθαῖος ἠγωνίσθη διὰ τὴν ἐξυγίανσι τῶν οἰκονομικῶν τοῦ πατριαρχείου καὶ τὴν ἀποκατάστασι τῆς ἐκκλησιαστικῆς τάξεως. Οὕτως δὲν ἐδίστασε νὰ ἐπιβάλῃ αὐστηρὰ μέτρα δι᾽ ἀλλεπαλλήλων συνοδικῶν ἀποφάσεων διὰ τὴν ἱεραρχία, τὸν ἐφημεριακὸ κλῆρο καὶ τοὺς μοναχούς. Ὑπερήσπισε δὲ δι᾽ ἀποφασιστικότητος τὰ πατριαρχικὰ δίκαια εἰς ὅλας τὰς ἐπαρχίας τοῦ θρόνου εἰς μίαν κρίσιμο περίοδο διὰ τὴν ζωὴ τῆς αὐτοκρατορίας.
