Ὅλη του ἡ ζωὴ χαρακτηρίζεται ἀπὸ ἀδιάκοπον δραστηριότητα καὶ συνεχῆ ἀγωνίαν διὰ τὴν ἀκεραιότητα καὶ διασφάλισιν τῆς Ὀρθοδόξου Ἐκκλησίας.
Ἐγεννήθη εἰς τὸ Ἡράκλειον τῆς Κρήτης τὸ 1572 καὶ εἶχε τὴν μεγάλην εὐκαιρίαν νὰ μαθητεύσῃ πλησίον τοῦ ὀνομαστοῦ διδασκάλου τῆς Σχολῆς τοῦ Σιναϊτικοῦ Μετοχίου, Μελετίου Βλαστοῦ. Μετὰ ἀπὸ τὰς ἐγκυκλίους σπουδάς του εἰς τὴν Κρήτην ἠκολούθησε τὸν δρόμον τῆς ἀνωτέρας καὶ ἀνωτάτης παιδείας πλησίον τοῦ διαπρεποῦς λογίου συγγραφέως, ἐπισκόπου Κυθήρων καὶ ἱεροκήρυκος Μαξίμου Μαργουνίου (1549-1602) εἰς τὴν Βενετίαν (1584-1588) καὶ κατόπιν εἰς τὸ φημισμένον Πανεπιστήμιον τῆς Παδούης ἀπὸ τὸ 1589 ἕως τὸ 1593. Τὸ 1593, εἰς ἡλικίαν 21 ἐτῶν, ἐχειροτονήθη διάκονος καὶ μετέπειτα πρεσβύτερος ἀπὸ τὸν ἐπιφανῆ πατριάρχην Ἀλεξανδρείας Μελέτιον Πηγᾶ (1549-1601), ὁ ὁποῖος ἐνωρὶς διέκρινε τὰ προσόντα τοῦ νεαροῦ Κυρίλλου καὶ ἐφανέρωσε παντοιοτρόπως τὴν πατρικήν του φροντίδα.
Ὁ Κύριλλος συνεδέθη μὲ τὸ Οἰκουμενικὸν Πατριαρχεῖον καὶ ἰδιαίτερα μὲ τὸν μεγάλον πατριάρχην Ἱερεμίαν Β´ τὸν Τρανόν. Ἐγνώρισε ἀπὸ κοντὰ τὰ προβλήματα τῶν ὀρθοδόξων ἐκκλησιῶν καὶ μὲ τὸν αὐθορμητισμὸν ποὺ τὸν ἐχαρακτήριζε περιώδευσε τὴν νοτιοδυτικὴν Ῥωσσίαν καὶ ἰδιαίτερα τὴν Οὐκρανίαν διὰ νὰ ἐνισχύσῃ τὸ φρόνημα τῶν ὀρθοδόξων καὶ νὰ τοὺς προφυλάξῃ ἀπὸ τὴν προσηλυτιστικὴν προπαγάνδαν καὶ δρᾶσιν τῆς Οὐνίας.
Μόλις 30 ἐτῶν, τὸ 1601, διεδέχθη εἰς τὸν πατριαρχικὸν θρόνον Ἀλεξανδρείας τὸν Μελέτιον Πηγᾶν. Ὡς πατριάρχης Ἀλεξανδρείας (1601-1620) ἀναδιοργάνωσε οἰκονομικὰ τὸ πατριαρχεῖον, ἐπεσκεύασε ναούς, ἠσχολήθη συστηματικῶς μὲ τὸ κήρυγμα τοῦ θείου λόγου καὶ μὲ συνεχῆ ἀλληλογραφίαν συνειργάσθη στενῶς μὲ τὰς ἐκκλησίας τῶν Ἱεροσολύμων, τῆς Κύπρου καὶ τῆς ΝΔ. Ῥωσσίας. Τὸ 1612 καὶ διὰ μικρὸν χρονικὸν διάστημα τοῦ ἀνετέθη «ἡ ἐπιτήρησις» τοῦ Οἰκουμενικοῦ θρόνου. Ἄλλα πάντοτε τὸν ἀπασχολοῦσε τὸ πρόβλημα τῆς Οὐνίας εἰς τὴν ΝΔ. Ῥωσσίαν καὶ Κωνσταντινούπολιν. Θέλων νὰ ἐξισοῤῥοπήσῃ καὶ ὁμαλοποιήσῃ τὰς σχέσεις τῶν ἄλλων ἐκκλησιῶν ἔναντι τῶν πατριαρχείων τῆς Ἀνατολῆς συνειργάσθη μὲ τὴν Ἀγγλικανικὴν ἐκκλησίαν μὲ τὴν πρόθυμον συμπαράστασιν τῶν πρεσβευτῶν τῆς Ἀγγλίας καὶ τῆς Ὀλλανδίας εἰς τὴν Κωνσταντινούπολιν. Ἡ συνεργασία συνεχίσθη ἀργότερον μὲ τοὺς καλβινιστὰς θεολόγους τῆς Γενεύης. Εἰς τὰ πλαίσια αὐτῶν τῶν διαχριστιανικῶν προσεγγίσεων περιλαμβάνεται καὶ ἡ ἀποστολὴ τοῦ νεαροῦ τότε Μακεδόνος καὶ μετέπειτα πατριάρχου Ἀλεξανδρείας Μητροφάνους Κριτοπούλου (1589-1639) ὡς ὑποτρόφου εἰς τὴν Ἀγγλίαν διὰ σπουδάς, ἡ δωρεὰ πολυτίμου χειρογράφου, μὲ ἀραβικὴν μετάφρασιν, τῆς Πεντατεύχου εἰς τὸν ἀρχιεπίσκοπον Καντερβουρίας Land, καθὼς καὶ ἡ ἀποστολὴ σπουδαίου ἀλεξανδρινοῦ κώδικος τῆς Ἁγίας Γραφῆς εἰς τὸν βασιλέα τῆς Ἀγγλίας Ἰάκωβον Α´.
Ἡ πατριαρχικὴ Σύνοδος Κωνσταντινουπόλεως «τὸν ἐπ᾽ ἀρετῇ καὶ σοφίᾳ διαβόητον Κύριλλον Λούκαριν» ἀνεβίβασεν εἰς τὸν Οἰκουμενικὸν θρόνον τὴν 4ην Νοεμβρίου 1620. Ὡς Οἰκουμενικὸς πατριάρχης ( 1620-1638 πατριάρχευσε πέντε φορές: α´ 1620-23, β´ 1623-33, γ´ 1633-34, δ´ 1634-35, ε´ 1637-38) εὑρέθη εἰς τὸ ἐπίκεντρον τῆς ὀξυτάτης διαμάχης Παπισμοῦ καὶ Μεταῤῥυθμίσεως. Αἱ ἐκκλησίαι τῆς Ἀνατολῆς καὶ ἰδιαιτέρως τῆς Κωνσταντινουπόλεως ὑπέφεραν ἀπὸ τὴν ἀσφυκτικὴν καὶ ἐξοργιστικὴν προπαγάνδα τῶν Ἰησουϊτῶν. Εἰς τὰς συστηματικὰς καὶ ἀλληλοσυγκρουόμενας κινήσεις Ἰησουϊτῶν καὶ Μεταρρυθμιστῶν συνέπραττε καὶ ἡ πολιτικὴ διπλωματία μὲ κάθε τρόπο καὶ μέσον, φανερῶς ἢ παρασκηνιακῶς. Γαλλία καὶ Αὐστρία προσέφεραν τὰς ὑπηρεσίας των εἰς τὴν Ῥώμην, ὅπου ἡ Congregatio de propaganda fide ἠγωνίζετο ἐναντίον τοῦ Κυρίλλου: Ἐχρησιμοποίει ὡς ὅπλα τὸν ἐπηρεασμὸν τοῦ ἑλληνικοῦ κλήρου καὶ λαοῦ διαδίδοντας ὅτι ὁ πατριάρχης ἦτο καλβινιστὴς ἐνῷ ταυτόχρονα οἱ πρεσβευταὶ Γαλλίας καὶ Αὐστρίας ἀπαιτοῦσαν ἀπὸ τὴν Ὑψηλὴν Πύλην τὴν ἀπομάκρυνσιν τοῦ Πατριάρχου.
Πέντε φορὲς εἰς τὸ διάστημα τοῦτο τὸν κατέβασαν ἐκ τοῦ θρόνου του καὶ πέντε φορὲς μὲ τὴν ψῆφο τοῦ κλήρου καὶ τὴν συμπαράστασιν τοῦ ὀρθοδόξου λαοῦ ἀνέβηκε πάλιν εἰς αὐτόν. Ἀγγλικανοὶ καὶ Διαμαρτυρόμενοι (Ἄγγλοι, Ὁλλανδοί, Γερμανοὶ, Σουηδοί) ὑπεστήριζαν κάθε φορὰ καὶ πρὸς ἴδιον ὄφελος τὴν ἐπιστροφὴν τοῦ Λουκάρεως. Μέσα εἰς αὐτὴν τὴν δίνη τῶν θρησκευτικοπολιτικῶν ἀνταγωνισμῶν καὶ τὸ ἐπικίνδυνον κλῖμα ποὺ εἶχε διαμορφωθεῖ ὁ Κύριλλος Λούκαρις ἐπολιτεύετο κατὰ τρόπον ποὺ θεωροῦσε ὅτι ἐξυπηρετοῦσε καλύτερον τὰ συμφέροντα τῆς Ὀρθοδοξίας. Εἶχε πλήρη συναίσθησιν τῆς κρισιμότητος τῶν καιρῶν καὶ τοῦ διαβρωτικοῦ ἔργου τῶν Ἰησουϊτῶν καθὼς διετύπωνε τὰς ἀπόψεις του: «Γυρεύουσι (οἱ Ἰησουίτες) τὸν χαλασμόν μας καὶ τὸν ἀφανισμὸν τοῦ Πατριαρχείου καὶ ὅλης τῆς ἐκκλησίας τῶν Γραικῶν». Ἀλλὰ καὶ οἱ Καλβινισταὶ ἀπὸ τὴν πλευρά των χρησιμοποιοῦσαν πολιτικὴν δύναμιν, διπλωματίαν, χρήματα καὶ κάθε μέσον διὰ νὰ φέρουν κοντὰ εἰς τὰς δικάς των θέσεις τὸ Πατριαρχεῖον καὶ τὴν Ὀρθόδοξον ἐκκλησίαν. Ἰδιαιτέρως ὁ πρεσβευτὴς τῆς Ὁλλανδίας Κορνήλιος Haga ἐξαντλοῦσε ὅλη του τὴν ἐπιρ]ρ[οὴν εἰς αὐτὸν τὸν ἀδυσώπητον ἀγῶνα πλαισιωμένος ἀπὸ τὸν καλβινιστὴν θεολόγον Ἀντώνιο Leger, ὁ ὁποῖος μὲ φλογερὰ κηρύγματα, θεολογικὰς συζητήσεις καὶ διαπροσωπικὰς σχέσεις κατόρθωσε τελικὰ νὰ ἐπιρρεάσῃ τὸ στενὸν περιβάλλον τοῦ Πατριάρχου ποὺ τὸ ἀποτελοῦσαν ὁ Ναθαναὴλ Κωνώπιος, ὁ Μελέτιος Ποντόγαλος, ὁ Θεόφιλος Κορυδαλλεύς, ὁ Ἰωάννης Καρυοφύλλης. Ἐκείνην τὴν ἐποχὴν οἱ Καλβινισταὶ τῆς Γενεύης ἐφρόντισαν νὰ ἐκδοθῇ καὶ νὰ κυκλοφορήσῃ ἡ Ἁγία Γραφὴ εἰς ἁπλοελληνικὴν μετάφρασιν, ἡ ὁποία ἔγινε ἀπὸ τὸν Μάξιμον τὸν Καλλιπολίτην. Ὁ Κύριλλος ἠναγκάσθη νὰ ἐγκρίνῃ τὴν μετάφρασιν τοῦ Καλλιπολίτου παρόλο ποὺ οἱ Καλβινισταί, μέσῳ αὐτῆς, διέδιδαν εἰς τὰ λαϊκὰ στρώματα τὰς θέσεις των προκαλῶντες σύγχυσιν. Ἀλλὰ ἡ σύγχυσις αὕτη μετεβλήθη εἰς χάος ὅταν οἱ Καλβινισταὶ τῆς Γενεύης ἐκυκλοφόρησαν τὸ 1629 εἰς πρώτην λατινικὴν ἔκδοσιν τὴν λεγομένην «Λουκάρειον Ὁμολογίαν» μὲ τὴν ὁποία ὁ πατριάρχης ἐνεφανίζετο εἰς τὸν χριστιανικὸν κόσμον ὅτι δέχεται τὴν διδασκαλίαν τῶν Καλβινιστῶν καὶ ἀπεμπολεῖ τὴν Ὀρθόδοξον πίστιν. Ἀπὸ τὸ 1629 μέχρι τὸ 1633 ἡ «Ἀνατολικὴ ὁμολογία τῆς χριστιανικῆς πίστεως» ἐκυκλοφόρησεν μὲ τὸ ὄνομα τοῦ Κυρίλλου Λουκάρεως εἰς τὴν λατινικήν, τὴν ἑλληνικήν, τὴν γαλλικήν, τὴν γερμανικὴν καὶ ἀγγλικὴν γλῶσσα. «Ἡ κακόζηλος αὕτη Ὁμολογία διήγειρε πανταχοῦ εἰς τὰς ἐκκλησίας μέγιστον θόρυβον καὶ δυσπερίγραπτον ταραχήν, ἀπασχολήσασα οὐ μόνον ἐκκλησιαστικοὺς, θεολογικούς, ἀλλὰ καὶ πολιτικοὺς καὶ διπλωματικοὺς παράγοντας, πάντες δὲ σχεδὸν ἐθεώρησαν ἐν ἀρχῇ αὐτὴν ὡς ψευδεπίγραφον καὶ οὐχὶ ὡς γνήσιον τοῦ πατριάρχου ἔργον» (Ἰ. Καρμίρης). Πέρασαν ἔκτοτε τριακόσια καὶ πλέον χρόνια ἀπὸ τὴν πρώτην κυκλοφορίαν τῆς λεγομένης «Λουκαρείου Ὁμολογίας». Διαπρεπεῖς ἱστορικοί, θεολόγοι, ἐρευνητὲς προσεπάθησαν νὰ διαλευκάνουν τὸ σκοτεινὸν σημεῖον, ἂν πράγματι ὁ Λούκαρις ἦτο ὁ συντάκτης ἢ ὄχι τῆς ἀποδιδομένης εἰς αὐτὸν ἀπὸ τοὺς Καλβινιστάς, Ὁμολογίας. Ὁ ἴδιος ἠρνήθη πολλάκις προφορικῶς καὶ μὲ τὴν στάσιν του καὶ τὰς ἐπιστολάς του διεκήρυττε τὴν Ὀρθόδοξον πίστιν του. Μέχρι τὸν θάνατόν του ὅμως δὲν τὴν ἀπεκήρυξε μὲ γραπτὸν κείμενον. Ἡ ἐκκλησία μὲ ἀλλεπάλληλας Συνόδους κατεδίκασεν τὴν Ὁμολογίαν ὡς αἱρετικὴν καὶ ξένην πρὸς τὴν Ὀρθόδοξον πίστιν τῶν Πατέρων.
Ἡ τραγικὴ φυσιογνωμία τοῦ Κυρίλλου Λουκάρεως εὑρέθη εἰς τὸ μέσον ἀντιτιθεμένων θρησκευτικῶν ῥευμάτων. Ἀπὸ τὴν μίαν οἱ Διαμαρτυρόμενοι ἐπάσχιζον νὰ προσεταιρισθοῦν τοὺς Ὀρθοδόξους εἰς τὸν ἀγῶνα των ἐναντίον τῶν Ῥωμαιοκαθολικῶν, ἀφοῦ ἔφθασαν ὡς τὸ ἀκραῖον σημεῖον νὰ χρησιμοποιήσουν καὶ τὸν ἴδιο τὸν Πατριάρχην μὲ τὴν «Λουκάρειον Ὁμολογίαν» διὰ νὰ διαδώσουν τὰς νεοφανεῖς θέσεις των. Ἀπὸ τὴν ἄλλην αἱ μηχανορραφίαι τῶν Ἰησουϊτῶν ἔφθασαν ἕως τὰ μὴ περαιτέρω. Ὁ Οἰκουμενικὸς Πατριάρχης ἀπροστάτευτος, ἔρημος καὶ προδωμένος ἐδικάσθη, κατεδικάσθη καὶ τῇ 27ῃ Ἰουνίου 1638 ἐστραγγαλίσθη. Τὸ σῶμα του ἐρρίφθη εἰς τὸν Βόσπορον. Μετὰ ἀπὸ ἀρκετὸν χρονικὸν διάστημα, καθὼς σημειώνει ὁ Μ. Γεδεὼν «ἡ θάλασσα, ἥτις συμπαθοῦσα τῷ θαυμασιωτάτῳ τῆς Ὀρθοδοξίας ὑπερμάχῳ, ἐξέβρασεν αὐτὸ (τὸ πτῶμα) παρὰ τὴν νῆσον Χάλκην». Ἐτάφη μὲ τιμὰς ἀπὸ τὸν Οἰκουμενικὸν Πατριάρχην Παρθένιον τὸν Α´ (1639-1644) εἰς τὸν ναὸν τοῦ ἱστορικοῦ μοναστηρίου τῆς Παναγίας τῆς Καμαριωτίσσης ἐν Χάλκῃ.