Χρηματίσας προηγουμένως μητροπολίτης Βιδύνης (1826-1830), Δράμας (1831-1835) καὶ Δέρκων (1835), ἑξελέχθη εἰς τον Πατριαρχικὸν θρόνον τῷ 1942, διαδεχθεὶς τὸν Ἄνθιμο Ε´.
Ὡς πατριάρχης ἐφρόντισε διὰ τὴν ἀνακούφιση τῶν φτωχῶν, τόσο ἐντὸς τῆς Κωνσταντινουπόλεως ὅσο καὶ εἰς τὰς ἐπαρχίας τοῦ οἰκουμενικοῦ θρόνου. Ἵδρυσε ναούς, σχολεῖα, βιβλιοθῆκες, ὀρφανοτροφεία καὶ ἐνδιαφέρθη διὰ τὴν μόρφωσιν τοῦ ὀρθόδοξου κλήρου. Ἔλαβε μέτρα προσβλέπων εἰς τὴν διοικητικὴν ἀναδιάρθρωσι τῆς Ἐκκλησίας καὶ τὴν ἄνοδο τοῦ ἐπιπέδου τοῦ μοναστικοῦ βίου. Τὸ δὲ ὄνομά του συνεδέθη κυρίως μὲ τὴν ἀνασύστασιν τῆς παλαιᾶς μονῆς τῆς Χάλκης καὶ τὴν ἵδρυσιν τῆς ὁμωνύμου Θεολογικῆς Σχολῆς.
Ἐπὶ τοῦ λόφου τῆς Ἐλπίδος τῆς νήσου Χάλκης τῶν Πριγκηποννήσων, ὑψώνεται ἡ Ἱερὰ Μονὴ τῆς Ἁγίας Τριάδος, ἡ ἐπονομαζόμενη καὶ τοῦ Ἐσόπτρου, τοῦ Κατόπτρου, τῶν Δεσποτῶν, τοῦ Περιβλέπτου, τοῦ Χαλκίτου, κ.λπ. Ἡ ἴδρυσις τῆς Ἱερᾶς Μονῆς ἀνάγεται εἰς τὸν 8ο αἰῶνα, καὶ ὡς ἰδρυτὴς αὐτῆς ἀναφέρεται ὁ Πατριάρχης Φώτιος ὁ Μέγας. Συνδέεται ὅμως ἡ ἱστορία τῆς Μονῆς καὶ μετὰ τῶν ἀοιδίμων Πατριαρχῶν Μητροφάνους του Γ΄ καὶ Γερμανού του Δ΄, οἱ ὁποῖοι θεωροῦνται ἀνιδρυτὲς αὐτῆς. Τὸν λόφο τῆς Ἐλπίδας καὶ τὴν Ἱερὰ Μονὴ τῆς Ἁγίας Τριάδος ἐπέλεξεν ὁ μακαριστὸς Πατριάρχης Γερμανός ὁ Δ΄ διὰ τὴν ἀνέγερσιν Θεολογικοῦ φυτωρίου πρὸς κάλυψιν τῶν πολλαπλῶν τότε πνευματικῶν, θεολογικῶν, ἀλλὰ καὶ διοικητικῶν ἀναγκῶν τῆς Μεγάλης τοῦ Χριστοῦ Ἐκκλησίας.
Δὲν θὰ ἀναφερθοῦμε ἀναλυτικῶς εἰς τὴν ἱστορία τῆς Σχολῆς. Θὰ περιορισθοῦμε ἁπλῶς εἰς μία σύντομο περιγραφὴ τῶν συνθηκῶν, ἐντὸς τῶν ὁποίων αὕτη ἤνοιξε τὰς πύλας της, βαθειᾷ τῇ πεποιθήσει, ὅτι ἐκπληκτικαὶ ὁμοιότηται καὶ ἀναλογίαι ὑφίστανται μεταξὺ τῆς τότε καὶ τῆς σημερινῆς καταστάσεως. Αἱ ἀναλογίαι αὗται ἀκριβῶς ἐνισχύουν ἄλλη πεποίθησι, ὅτι δηλαδή, πολλὰ συνδέουν καὶ τοὺς δύο Πατριάρχας, ἐκ τῶν ὁποίων ὁ μὲν πρῶτος, Γερμανὸς ὁ Δ΄, συνέδεσε τὸ ὄνομά του μὲ τὴν ἴδρυσι τῆς Σχολῆς, ἐνῷ ὁ δεύτερος, Βαρθολομαῖος ὁ Α΄, συνέδεσε τὸ δικό του μὲ τὸν ὑπεράνθρωπο καὶ ἄνισο πολλάκις ἀγῶνα διὰ τὴν ἐπαναλειτουργία αὐτῆς.
Πὼς ὅμως καὶ γιατὶ ἡ Μητέρα Ἐκκλησία προέβη εἰς τὴν ἴδρυσι τῆς Ἱερᾶς Θεολογικῆς Σχολῆς τῆς Χάλκης; Τὸ πολιτικὸ καὶ κοινωνικὸ προσκήνιο τῆς ἐποχῆς, ἀλλὰ καὶ αἱ οἰκονομικαὶ δυνατότητες τῆς Ἐκκλησίας καὶ τοῦ Γένους οὐδόλως δύνανται νὰ χαρακτηρισθοῦν ὡς δεδομένα, τὰ ὁποῖα προσέφεραν τὸ ἰδανικὸ πλαίσιο διὰ τὴν ὑλοποίησι ἑνὸς τέτοιου μεγαλοπνόου σχεδίου.
Δὲν ἦσαν λίγοι ἐκεῖνοι οἱ ὁποῖοι προσεπάθησαν νὰ ἀποτρέψουν τὸν Πατριάρχη Γερμανὸ τὸν Δ΄. Καὶ ἴσως δὲν εἶχαν ἄδικο. Πλεῖσται ἀντίστοιχοι προσπάθειαι λειτουργίας Θεολογικοῦ καθιδρύματος εἶχον ἀποτύχει εἰς τὸ ἀπώτερο καὶ ἐγγὺς παρελθόν, λόγῳ ἀκριβῶς τῶν τότε συνθηκῶν.
Παρὰ τὰς δυσχερείας ὅμως καὶ τὰς ἀντιξοότητας, παρὰ τοὺς δισταγμοὺς καὶ τὰς ἐπιφυλάξεις, παρὰ τὰς ἐλλείψεις καὶ τὰ ἐμπόδια, ὁ μέγας Πατριάρχης ἐτόλμησε τὸ ἀποφασιστικὸ βῆμα διὰ τὸ συμφέρον τοῦ Οἰκουμενικοῦ Πατριαρχείου, τῆς Ὀρθοδοξίας καὶ τοῦ Γένους.
Ἡ ἐπιμόρφωσι τοῦ ἱεροῦ κλήρου, ἡ καλλιέργεια τῆς Θεολογικῆς ἐπιστήμης καὶ ἡ ἄρτια προετοιμασία κληρικῶν καὶ λαϊκῶν στελεχῶν γιὰ τὴν ἀνάληψι ὑπεύθυνων καθηκόντων καὶ θέσεων εἰς τοὺς κόλπους τῆς Ἐκκλησίας καθίστατο ἐπιτακτικῆ ἀνάγκη. Ὁ Θεοσεβισμὸς τοῦ Θεόφιλου Καϊρη, ὁ ὁποῖος ηὕρισκε γόνιμο ἔδαφος εἰς τὸ Βαυαρικὸ καθεστὸς τοῦ νεοπαγοῦς Ἑλληνικοῦ Κράτους, αἱ προσηλυτιστικαὶ δραστηριότηται τῶν δυτικῶν ἰεραποστολῶν, καθὼς καὶ ἡ διάδοσις τῶν ἀποτόκων τῆς διαφωτίσεως νέων φιλοσοφικῶν συστημάτων καὶ ἰδεῶν ἔπρεπε ὁπωσδήποτε νὰ ἀντιμετωπισθοῦν καταλλήλως ὑπὸ τῆς Μητρὸς Ἐκκλησίας.
Πέραν ὅμως αὐτῶν, Ὀρθοδοξία καὶ Γένος ἐκλυδωνίζονταν ἐν μέσῳ τοῦ πολυταράχου καὶ κατὰ παντῶς ἀσταθοῦς κοινωνικοπολιτικοῦ πλαισίου τῆς ἐποχῆς. Αἱ μεγάλαι ζυμώσεις, ἐθνικαί, πολιτιστικαί, οἰκονομικαί, ἰδεολογικαί, πνευματικαί, ἐκκλησιαστικαί, αἱ ὁποῖαι ἔμελλαν νὰ προετοιμάσουν τὴν ἔλευσι τοῦ 20ου αἰῶνος εἶχον ἤδη ἀρχίσει. Τὸ μέγεθος τῶν ἀναγκῶν ὑπερέβαινε κατὰ πολὺ κάθε στενὸ γεωγραφικὸ ὅριο καὶ ἐλάμβανε διεθνεῖς, εἰ μὴ καὶ παγκοσμίας διαστάσεις. Ὁμογενεῖς καὶ ὁμόδοξοι ἔστρεφον τὰ βλέμματά τους πρὸς τὴν Μητέρα Ἐκκλησία καὶ ἀνεζητούσαν συμπαράστασι καὶ ἀρωγή. Ἐκρίνετο, τρόπον τινά, ἡ αὐθεντικότης τοῦ οἰκουμενικοῦ πνεύματος καὶ χαρακτήρος τῆς Μητρὸς Ἐκκλησίας. Ἐκρίνετο οὐχὶ μόνον τὸ παρελθὸν καὶ τὸ παρόν, ἀλλὰ καὶ τὸ μέλλον. Ὁμολογουμένως, δὲν ὑπῆρχαν ἀλλὰ περιθώρια καθυστερήσεως.
Ὅλα αὐτὰ ἐνεθάρρυναν τὸν Πατριάρχη Γερμανὸ νὰ προβῇ εἰς τὰς δεούσας ἐνεργείας καὶ νὰ καταβάλῃ, μετὰ τῶν συνεργατῶν του, ὑπερανθρώπους προσπάθειας διὰ τὴν ἴδρυσι καὶ λειτουργία τῆς Ἱερᾶς Θεολογικῆς Σχολῆς τῆς Χάλκης. Διορατικὸς καὶ ὀραματιστής, δραστήριος καὶ τολμηρός, ὁ Πατριάρχης κατώρθωσε νὰ ὑπερβῇ πάμπολλα ἐμπόδια καὶ νὰ προσφέρῃ οὕτως εἰς τὴν Ἐκκλησία τὸ ἵδρυμα ἐκεῖνο, τὸ ὁποῖο θὰ τροφοδοτοῦσε αὐτὴν ἐπὶ σειρᾷ πολλῶν ἐτῶν, μέχρι καὶ τοῦ 1971.
Ἐν μέσῳ λοιπόν, καιρῶν χαλεπῶν καὶ κατόπιν ἀγώνων πολλῶν ἤνοιξε ἡ Ἱερὰ Θεολογικὴ Σχολὴ τῆς Χάλκης τὰς πύλας της ἐπὶ Πατριάρχου Γερμανοῦ του Δ΄, τὸν Ὀκτώβριο τοῦ 1844.
Εἶναι ὄντως ἐνδιαφέρουσα ἡ ἀναλυτικὴ σύγκρισις, τηρουμένων τῶν ἀναλογιῶν, τῶν συνθηκῶν ἐν μέσῳ τῶν ὁποίων ἱδρύθη ἡ Σχολὴ καὶ ἐκείνων ἐν μέσῳ τῶν ὁποίων καταβάλλονται σήμερον προσπάθειαι διὰ τὴν ἐπαναλειτουργία της. Πολλαὶ καὶ πάλι εἰσὶ αἱ ἀνάγκαι τοῦ ὁμόδοξου καὶ ὁμογενοῦς πληρώματος· πολλαὶ αἱ προσδοκίαι τῆς Μητρός Ἐκκλησίας ἀπὸ τὰς ἄλλες χριστιανικὲς Ἐκκλησίες· μεγάλαι οἱ πνευματικαὶ ὑποχρεώσεις τῆς Ὀρθοδοξίας ἐντὸς τῆς ἡνωμένης Εὐρώπης.
Εἰς αὐτὴν ἐφοίτησαν συνολικῶς 930 ἰεροσπουδαστές. Ἐξ αὐτῶν, 343 ἔγιναν Ἐπίσκοποι, 12 ἀνῆλθον εἰς τὸν Οἰκουμενικὸ Θρόνο, ἀνὰ δύο εἱς τοὺς Θρόνους τῶν Ἀγιωτάτων Πρεσβυγενῶν Πατριαρχείων Ἀλεξανδρείας καὶ Ἀντιοχείας, 4 εἰς τὸν Ἀρχιεπισκοπικὸ Θρόνο τῶν Ἀθηνῶν καὶ τὸν τῶν Τιράνων. Μετ᾽ αὐτῶν, ἔτεροι 318 κληρικοὶ καὶ οἱ ὑπόλοιποι ὡς λαϊκοὶ θεολόγοι προσέφερον καὶ προσφέρουν τὰς ὑπηρεσίας τοὺς εἰς τὴν Ἐκκλησία καὶ τὸ Γένος.
Μετὰ λύπης ὅμως πολλῆς πρέπει νὰ τονισθῇ, ὅτι ἡ σκυτάλη, ἡ ὁποία ἐπὶ δεκαετίας ἀνελλιπῶς παρεδόθη εἰς τὰς νεωτέρας γενεάς, παραμένει σήμερον μετέωρος.