Ὁ Γεννάδιος ὑπήρξε ὁ πρῶτος Πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως μετὰ τὴν Ἅλωσι. Πρόκειται διὰ μία ἐξέχουσα φυσιογνωμία τοῦ 15ου αἰῶνος, ἡ ὁποία ἐσφράγισε τῇ πολυπλεύρῳ αὐτῆς δράσει τὴν πορεία καὶ τὴν ἐξέλιξι τοῦ Ἐλληνισμοῦ καὶ τῆς Ὀρθοδόξου Ἀνατολικῆς Ἐκκλησίας.
Γόνος εὐπόρου οἰκογενείας ἀπὸ τὴ Θεσσαλία, ἐγεννήθη, ἐμορφώθη καὶ ἔδρασε εἰς τὴν Κωνσταντινούπολη εἰς μίαν ἐποχὴ βαθιὰ σημαδεμένη ἀπὸ ἐντόνους ἐκκλησιαστικοπολιτικὰς μεταλλαγάς. Ὁ χρόνος τῆς γεννήσεώς του τοποθετεῖται μεταξὺ τῶν ἐτῶν 1398 καὶ 1400. Τὸ κοσμικὸ τοῦ ὄνομα ἦτο Γεώργιος. Ἡ ἐπωνυμία Σχολάριος θεωρεῖται οἰκογενειακὴ καὶ προέρχεται πιθανότατα ἀπὸ ἀξίωμα μέλους τῆς οἰκογένειάς του εἰς τὸν στρατὸ ἢ εἰς τὰ ἀνάκτορα.
Ἀσαφὴς παραμένει ἡ προέλευσις τοῦ ὀνόματος Κουρτέσιος ἢ Κορτέσιος, ὅπερ τοῦ ἀποδίδεται κυρίως κατὰ τοὺς μεταγενεστέρους χρόνους. Εἶναι μᾶλλον ἀπίθανο νὰ προέρχεται ἀπὸ ἐκλατινισμὸ τοῦ Σχολάριος, δεδομένου ὅτι ὁ Γεννάδιος ὑπῆρξε ἀντιλατινιστὴς καὶ συχνῶς κατηγόρησε ἐκείνους ποὺ συνήθιζον νὰ ἐκλατινίζουν τὸ ὄνομά τους. Τὸ πιθανότερον εἶναι νὰ πρόκειται διὰ μεταγενεστέρα παρεμβολή, ἀπαντοῦσα ἄλλωστε μόνο εἰς ἀμφιλεγόμενα ἔργα του, καὶ ἐξυπηρετοῦσα προφανεῖς σκοπιμότητας.
Τὸ γεγονὸς ὅτι ἡ οἰκογένειά του ἦτο εὔπορος, τοῦ ἔδωκε τὴν δυνατότητα νὰ ἀποκτήσῃ εὐρυτάτη μόρφωσιν. Δὲν ὑπάρχουν σαφεῖς μαρτυρίαι ἀν ἐσπούδασε εἰς συγκεκριμένη σχολὴ ἢ ἀν ἐμαθήτευσε πλησίον κάποιου διδασκάλου τῆς ἐποχῆς του. Ὁ ἴδιος μαρτυρεῖ ὅτι ὑπῆρξε αὐτοδίδακτος· θεωρεῖται ὅμως βέβαιο ὅτι παρηκολούθησε μαθήματα ἐπιφανῶν δασκάλων, ὅπως τοῦ Δαμασκηνοῦ Θεοκλήτου, τοῦ νομοδιδασκάλου Μεθοδίου, ἴσως τοῦ Γεωργίου Γεμιστοῦ ἢ Πλήθωνος, καθὼς καὶ τοῦ Συμεὼν Θεσσαλονίκης. Ἡ ἔμφυτος φιλομάθεια καὶ ἡ εὐφυΐα του τὸν ἐβοήθησαν νὰ ἐπιδοθεῖ μὲ ζῆλο εἰς τὰς σπουδὰς τῆς ῥητορικῆς, τῆς τακτικῆς, τῆς φιλοσοφίας, τῆς θεολογίας καὶ τῆς νομικῆς. Διὰ νὰ διευρύνῃ τὰς φιλοσοφικὰς καὶ θεολογικὰς γνώσεις του, ἐξάλλου, ἔμαθε ἄριστα τὴν λατινικὴ γλῶσσα, ἀπὸ τὴν ὁποία μετέφρασε ἢ ἐσχολίασε πολλὰ ἔργα κλασικῶν Ἑλλήνων καὶ Λατίνων ἐκκλησιαστικῶν συγγραφέων. Οὕτως, εἰς πολὺ νεαρὰ ἡλικία ἐπέτυχε νὰ διακριθῇ διὰ τὴν ἐξαίρετο μόρφωσί του καὶ συνεδέθη ὅλαις σχεδὸν ταῖς ἐξεχούσαις πνευματικαῖς προσωπικότησι τῆς ἐποχῆς του. Ἰδιαίτερο δεσμὸ ἐδημιούργησε μὲ τὸν μητροπολίτη Ἐφέσου Μάρκο Εὐγενικό, τοῦ ὁποίου ἔγινε πνευματικὸ τέκνο καὶ τὸν διεδέχθη εἰς τὸν ἀγῶνα κατὰ τῆς ἑνώσεως μετὰ τῆς Δυτικῆς Ἐκκλησίας ὡς ἀρχηγὸς τῶν ἀνθενωτικῶν.
Ἀρχικῶς ὁ Σχολάριος ἤσκησε τὸ ἐπάγγελμα τοῦ διδασκάλου. Ἱ/δρυσε εἰς τὴν οἰκία τοῦ ἰδιωτικὴ σχολή, ὅπου ἐδίδασκε γραμματική, ῥητορικὴ καὶ φιλοσοφία. Ἡ φήμη του ὡς διδασκάλου, ἡ μεγάλη του μόρφωσις καὶ ἡ σύνδεσίς του τοῖς ἀνακτόροις του ἔδωκαν τὴν δυνατότητα νὰ καταλάβῃ σημαντικὰς διοικητικὰς θέσεις. Τῇ ὑποστήριξει Κωνσταντίνου τοῦ Παλαιολόγου διωρίσθη ὑπὸ τοῦ αὐτοκράτορος «καθολικὸς κριτὴς τῶν Ῥωμαίων» (ἀνώτατο δικαστικὸ ἀξίωμα τῆς ἐποχῆς) καὶ «καθολικὸς σεκρετάριος τοῦ βασιλέως Ἰωάννου». Παραλλήλως διεδέχθη τὸν Ἰωσὴφ Βρυέννιο εἰς τὴν θέσιν τοῦ καθηγητοῦ τῆς θεολογίας εἰς τὴν βασιλικὴ Ἀκαδημία, ὅπου ἔκαστη Παρασκευὴ ὠργάνωνε θεολογικὰς συζητήσεις τῇ συμμετοχῇ τῆς βασιλικῆς οἰκογενείας, τῶν ἐπίσημων αὐλικῶν καὶ πλήθους ἀκροατῶν τῆς Πόλεως.
Διὰ τῆς καταλήψεως αὐτῶν τῶν θέσεων ἀρχίζει καὶ ἡ λαμπρὰ πολιτικὴ καὶ ἐκκλησιαστικὴ σταδιοδρομία του. Γρήγορα καθιερώθη ὡς ὁ κορυφαῖος νομικός, θεολόγος καὶ φιλόσοφος τῆς Πόλεως καὶ ἡ φήμη του ἐξαπλώθη πέραν τῶν ὁρίων τῆς αὐτοκρατορίας. Καθὼς ἦτο εὔλογο, ἐζητήθη ἡ συμβολή του καὶ ἡ συνεργασία του ἀπὸ τὸν Ἰωάννη H´ Παλαιολόγο διὰ τὴν ἑνωτικὴ του πολιτικὴ εἰς τὰ πλαίσια τῆς προσπάθειάς του νὰ ἐξασφαλίσῃ οἰκονομικὴ καὶ στρατιωτικὴ βοήθεια διὰ τὴν ἀντιμετώπισι τοῦ συνεχῶς αὐξανομένου τουρκικοῦ κινδύνου.
Εἴς τινα προκαταρκτικὴ συνεδρία ἐν τοῖς ἀνακτόροις, ἐκλήθη ὁ Γεννάδιος νὰ ἐκφράσῃ τὴν γνώμη του. Ἡ κλήσις αὕτη πρέπει νὰ στηρίχθη ὄχι μόνο εἰς τὴν ἰδιότητά του ὡς γενικοῦ συμβούλου τοῦ αὐτοκράτορος, ἀλλὰ καὶ εἰς ἐκείνη τοῦ ἀναγνωρισμένου θεολόγου. Ἐκεῖ ὁ Σχολάριος ἐξεφώνησε συμβουλευτικὸ λόγο, μεθ᾽ οὗ ἐτάχθη κατὰ τῆς μεταβάσεως τῶν Ὀρθοδόξων εἰς Ἰταλίαν καὶ τῆς συμμετοχῆς τους εἰς ἑνωτικὴν σύνοδο, ἐφ᾽ ὅσον δὲν ἐξησφαλίζοντο αἱ ἀναγκαῖαι προϋποθέσεις διὰ μία δογματικὴν ἕνωσι, ἀφοῦ προηγουμένως ἐπελύοντο ἅπασαι αἱ θεολογικαὶ διαφοραὶ χωρίζουσαι τὰς δύω ἐκκλησίας. Ὁ λόγος αὐτός, περίληψι τοῦ ὁποίου διέσωσε ὁ Σ. Συρόπουλος εἰς τὰ Ἀπομνημονεύματά του, ἀπηχεῖ τὸν γενικὸ προβληματισμὸ ἐπικρατοῦντα τὴν ἐποχὴ ἐκείνη σχετικῶς τῇ σκοπιμότητι τῆς ὀρθοδόξου συμμετοχῆς εἰς μιὰ σύνοδο ἐν Ἰταλίᾳ ἀποβλέπουσα εἰς μία συμβατικὴ καὶ κάτ᾽ οἰκονομίαν ἕνωσι τῷ ἀνταλλάγματι τὴν ἀμφισβητουμένη παροχὴ οἰκονομικῆς καὶ στρατιωτικῆς βοηθείας ἐκ μέρους τοῦ πάπα.
Εἰς τὴν Σύνοδο τῆς Φεράρας – Φλωρεντίας (1438-1439) ὁ Σχολάριος ἔφθασε μὲ καθυστέρησι ἀρκετῶν μηνῶν. Τὸ ἐρώτημα διὰ ἐκεῖ στάσι του κατὰ τὰς συζητήσεις ἀπησχόλησε ἐντόνως τὴν ἐπιστημονικὴ ἔρευνα μέχρι σήμερον. Ἡ ἐπικρατοῦσα ἄποψις (καὶ ὑποστηρίζεται κυρίως ἀπὸ ῥωμαιοκαθολικοὺς κύκλους, διὰ εὐνοήτους λόγους) ἐμφανίζει τὸν Σχολάριο ἔνθερμο ὑποστηρικτὴν τῆς ἑνώσεως, ὅπως αὕτη μεθωδευόταν ἀπὸ τοὺς Λατίνους, διὰ τὴν ὁποία μάλιστα ἐξεφώνησε καὶ σχετικοὺς φιλολατινικοὺς λόγους. Μιὰ ἄλλη θεωρία, εἰς τὴν προσπάθειά της νὰ ἐπιλύσῃ τὰ ἀνακύπτοντα προβλήματα τῆς προηγουμένης ἀπόψεως, διετύπωσε τὴν ἐκδοχὴ τῆς ὑπάρξεως δύο Σχολαρίων, ἑνὸς φιλενωτικοῦ καὶ ἑνὸς ἀνθενωτικοῦ, τοῦ μετέπειτα πατριάρχου Κωνσταντινουπόλεως, ἡ ὁποία ὅμως σήμερα ἔχει ἐγκαταλειφθεῖ γιατὶ δὲν στηρίζεται εἱς ἀντικειμενικὰ ἐπιχειρήματα.
Τέλος, μιὰ νεωτέρα θεωρία, στηριζόμενη σχεδὸν ἀποκλειστικῶς εἰς τὰ ἴδια τὰ ἔργα του, ἐμφανίζει τὸν Σχολάριο ἔντονα ἀνθενωτικὸ καὶ ἐργασθέντα διὰ τὴν ἀποτροπὴ τῆς ἀπὸ τὸν πάπα καὶ τοὺς «ἑνωτικούς» Ὀρθόδοξους μεθοδευομένης ψευδένωσης. Τὰ προσαγόμενα ἐπιχειρήματα διὰ τὴν στήριξη τῆς θεωρίας αὐτῆς συνοψίζονται εἰς τὰς ἐξὴς διαπιστώσεις·
α´. τὰ ἀποδιδόμενα στὸν Σχολάριο ἔργα φιλολατινικοῦ περιεχομένου (ὅπως εἰδικὰ οἱ λόγοι οὓς φέρεται νὰ ἔχει ἐκφωνήσει κατὰ τὴ σύνοδο) εἶναι νόθα καὶ ἀποτελοῦν μεταγενέστερες προσθῆκες εἰς τὸ κύριο σῶμα τῶν γνήσιων συγγραμμάτων του·
β´. ἡ ἰδιότης τοῦ Σχολάριου ὡς λαϊκοῦ δὲν τοῦ ἐπέτρεπε νὰ λάβει ἐνεργὸ μέρος εἰς τὰς συζητήσεις καὶ πολὺ περισσότερο νὰ ἐκφωνήσει λόγους, ἐφόσον ὁ ἴδιος ὁ αὐτοκράτορ εἶχε ῥητῶς ἀπαγορεύσει τὴ συμμετοχὴ λαϊκῶν εἰς τὴν σύνοδο.
γ´. ὁ ἴδιος ὁ Σχολάριος μαρτυρεῖ (Ἄπαντα, II, 258) ὅτι ἦτο ὁ συντάκτης τοῦ λόγου τὸν ὁποῖο ἐκφώνησε ὁ Βησσαρίων στὴ σύνοδο καὶ ἀντέκρουσε τὶς θεωρίες τοῦ Λατίνου ἀρχιεπισκόπου Ρόδου Ἀνδρέα.
δ´. ἐξέφρασε ὁ ἴδιος τὴν ἔντονο δυσφορία του διὰ τὴν ἀλλαγῆ τῆς στάσεως τῶν μετριοπαθῶν «ἐνωτικῶν», οἱ ὁποῖοι ἀπεδέχθησαν τελικῶς τὰς ἀπαιτήσεις τῶν Λατίνων (Ἅπαντα III, 110-113), δι᾽ αὐτὸ καὶ προετίμησε νὰ ἀποχωρήσῃ μετὰ τοῦ ἀδελφοῦ του αὐτοκράτορος Δημήτριου καὶ τοῦ φιλοσόφου Γεωργίου Γεμιστοῦ ἢ Πλήθωνος, πρὸ τῆς ὑπογραφῆς τοῦ τελικοῦ Ὅρου τῆς ἑνώσεως.
Μετὰ τὴν ἐπιστροφὴ τοῦ εἰς τὴν Κωνσταντινούπολη, ὁ Σχολάριος δὲν ἐμφανίζεται νὰ παίρνει ἐνεργὸ μέρος, τουλάχιστον κατὰ τὰ πρῶτα ἔτη ἀπὸ τὴν ὑπογραφὴ τῆς ἑνώσεως, εἰς τὰς διαμάχας μεταξὺ «ἐνωτικῶν» καὶ «ἀνθενωτικῶν». Διετήρησε τὰ ἀξιώματά του εἰς τὰ ἀνάκτορα, καθὼς καὶ τὴν θέσιν τοῦ ἐπίσημου θεολόγου, παραδίδοντας τὰ τακτικὰ μαθήματά του ἑκάστη Παρασκευή. Μόλις τῷ 1444, μετὰ ἀπὸ προτρεπτικὴ ἐπιστολὴ τοῦ φίλου καὶ διδασκάλου του Μάρκου Εὐγενικοῦ, ἐμφανίζεται εἰς τὸ προσκήνιο καὶ λαμβάνει ἐνεργὸ μέρος εἰς τὸν ἀνθενωτικὸ ἀγῶνα. Τὸ ἐπόμενο ἔτος (1445) ὡρίζεται ὡς ὁ κύριος ὁμιλητῆς εἰς διάσκεψιν, ἡ ὁποία ἐπραγματοποιήθη εἰς τὸ παλάτιον τοῦ Ξυλαλᾶ τῇ συμμετοχῇ λατινικῆς ἀντιπροσωπείας ὑπὸ τοῦ ἐπισκόπου Βορτώνης Βαρθολομαίου Λαπάτσι, διὰ τὴν ἀνανέωσι τοῦ ἑνωτικοῦ ὄρου. Εἰς τὰς διεξαχθεῖσας συζητήσεις ὁ Σχολάριος κατέῤῥιψε τὰ ἐπιχειρήματα τῶν Λατίνων καὶ ἀπέκρουσε τὴν λατινικὴ διδασκαλία τοῦ filioque. Αἱ δημόσιαι αὐταὶ συζητήσεις τοῦ Σχολάριου, τὰς ὁποῖες ἀμέσως μετὰ συνέθεσε εἰς ὀγκῶδες σύγγραμμα μὲ τίτλο· Περὶ τῆς ἐκπορεύσεως τοῦ Ἁγίου Πνεύματος, ἀποτελοῦν τὴν ἀπαρχὴ τῆς δημοσίου δράσεώς του ἐναντίον τῶν ἀποφάσεων τῆς Συνόδου τῆς Φλωρεντίας. Προηγουμένως, ὁ Μάρκος Εὐγενικός, ὁλίγο πρὸ τοῦ θανάτου του, τοῦ εἶχε ἐπίσημως ἀναθέσει τὴν ἀρχηγία τῶν ἀνθενωτικῶν. Παραλλήλως ὁ Σχολάριος ἐξηκολούθησε νὰ προσφέρῃ τὰς ὑπηρεσίας του εἰς τὸ κράτος καὶ εἰς τὰ ἀνάκτορα. Ἡ ἀνθενωτικὴ τοῦ δραστηριότης δὲν φαίνεται νὰ ἐπηρέασε σοβαρῶς τὴν εὔνοια τοῦ αὐτοκράτορος Ἰωάννη Η´ πρὸς τὸ πρόσωπό του, οὔτε καὶ τοῦ διαδόχου του (ἀπὸ τὸ 1448) Κωνσταντίνου ΙΑ´ Παλαιολόγου. Παρ᾽ ὅλα αὐτά, τὸ 1450 ὁ Σχολάριος ἀπεφάσισε νὰ ἐγκαταλείψῃ τὰ κοσμικὰ ἀξιώματα καὶ τὰς ἀπολαυάς τους καὶ νὰ ἐνδυθεῖ τὸ μοναχικὸ σχῆμα, εἰς στιγμὴ μάλιστα κατὰ τὴν ὁποίαν, ὅπως ὁ ἴδιος μαρτυρεῖ, αἱ σχέσεις του τῷ παλατίῳ ἦσαν ἄρισται (Ἅπαντα, IV, 472). Ἡ ἀπόφασίς του αὕτη ἀπετέλει ἐκπλήρωσι παλαιᾶς τοῦ ἐπιθυμίας, ἀλλὰ καὶ συμμόρφωσι πρὸς σχετικὴ προτροπὴ τοῦ πνευματικοῦ τοῦ πατρὸς Μάρκου Εὐγενικοῦ. Ἐγκατέλειψε τὴ Μονὴ τοῦ Παντοκράτορος, ὅπου διέμενε μετὰ τὸν θάνατο τῶν γονέων του, καὶ εἰσῆλθε εἰς τὴν κοινοβιακὴ Μονὴ τοῦ Χαρσιανείτου μὲ τὸ ὄνομα Γεννάδιος.
Ἀπὸ τὴν θέσι αὐτὴ ἐπεδόθη ἀπερίσπαστος εἰς τὸν ἀνθενωτικὸ τοῦ ἀγῶνα, συγγράφοντας ἀντιλατινικὰ ἔργα καὶ καθοδηγῶντας τοὺς ὁμοφρόνους του εἰς τὴν μὴ ἀποδοχὴ τῶν ὅρων τῆς Συνόδου τῆς Φλωρεντίας. Σπουδαία δραστηριότης τοῦ Γενναδίου κατὰ τὴν περίοδο αὐτὴ ὑπῆρξε ἡ ἀνάθεσις εἰς αὐτὸν τῆς κατηχήσεως εἰς τὴν ὀρθόδοξον διδασκαλία τοῦ Ἄγγλου ἱερέος Κωνσταντίνου Πλάτρη, ἀνεπίσημου ἀπεσταλμένου τῶν Χουσιτῶν τῆς Πράγας διὰ τὴν διαπραγμάτευσι τῆς ἑνώσεως μὲ τὴν Ὀρθόδοξη Ἐκκλησία (1451).
Ἐν τῷ μεταξύ, τὰ πολιτικὰ καὶ ἐκκλησιαστικὰ πράγματα εἰς τὴν Κωνσταντινούπολη εἶχαν πάρει πολὺ ἄσχημη τροπή. Ἐμπρὸς τοῦ καθημερινῶς αὐξανομένου τουρκικοῦ κινδύνου, ὁ αὐτοκράτωρ Κωνσταντῖνος ἐδέχθη, εἰς μία ὕστατον προσπάθεια νὰ ἐξασφαλίσῃ βοήθεια ἀπὸ τὴν Δύση, τὴν μετὰ ἀπὸ ἐνεργείας τῶν μετριοπαθῶν ἀνθενωτικῶν ἐπανάληψι τῶν διαπραγματεύσεων διὰ τὴν ἕνωσι τῶν Ἐκκλησιῶν. Ὁ πάπας ἀπέστειλε ἐν Κωνσταντινουπόλει ἀντιπροσωπεία μὲ ἐπικεφαλῆς τὸν πρώην Ὀρθόδοξο μητροπολίτη Ῥωσίας καὶ νῦν καρδινάλιο Ἰσίδωρο. Ἐις τὰς συζητήσεις αἵτινες διεξήχθησαν ἐν παλατίῳ τοῦ Ξυλαλᾶ (Νοέμβριος 1452), προσεκλήθη καὶ ἔλαβε μέρος καὶ ὁ Γεννάδιος «ὀρισμῷ βασιλικῷ καὶ ἀξιώσει τῶν αἰδεσιμωτάτων τούτων πατέρων», ὁ ὁποῖος διὰ τρίτη φορὰ ἀντέκρουσε τὰ ἐπιχειρήματα τῶν Λατίνων (Σχολαρίου, Ἄπαντα, III, 188-193). Παρὰ τὸ γεγονὸς ὅμως ὅτι ἐπεκράτησαν καὶ τότε αἱ ἀπόψεις τῶν ἀνθενωτικῶν καὶ προτάθηκε ἡ σύγκληση νέας συνόδου στὴν Κωνσταντινούπολη, τῇ 12 Δεκεμβρίου 1452 ἐτελέσθη ἑνωτικὴ λειτουργία εἰς τὸν ναὸ τῆς Ἁγίας Σοφίας ἀπὸ τὸν καρδινάλιο Ἰσίδωρο καὶ μὲ τὴν παρουσία τοῦ αὐτοκράτορος καὶ τῶν πολιτικῶν ἀξιωματούχων. Εἰς τὴν ἐνέργεια αὐτὴ ὁ Γεννάδιος ἀντέδρασε ἐντόνως, καὶ εἰς ἔνδειξι διαμαρτυρίας, διὰ τὴν ἔναντι τῆς οὐδέποτε ἀποσταλείσης βοηθείας νέα προδοσία τῆς ὀρθοδόξου πίστεως, ἐθυροκόλλησε εἰς τὴν πόρτα τοῦ κελιοῦ του κείμενο μὲ ὀξυτάτη κατὰ τῶν ἑνωτικῶν προκήρυξιν. Ἔκτοτε καὶ μέχρι τὴν ἅλωσι τῆς Κωνσταντινουπόλεως ἀπὸ τοὺς Τούρκους, ἀπεμονώθη εἰς τὴν μονή του.
Εἰς τὴν προσπάθειά του νὰ διαφύγῃ μετὰ τὴν κατάληψι τῆς Πόλεως, συνελήφθη αἰχμάλωτος καὶ ὠδηγήθη εἰς τὴν Ἀδριανούπολι ὡς δοῦλος εἰς τὴν ὑπηρεσία ἀξιωματούχου μουσουλμάνου. Σύντομα ὅμως ἀνεζητήθη ἀπὸ τὸν πορθητὴ Μωάμεθ καὶ ὠδηγήθη εἰς τὴν Κωνσταντινούπολι, ὅπου ἐδέχθη ὡς πρώτη εὔνοια τοῦ σουλτάνου τὴν ἄδεια νὰ θέσει εἰς ἐπαναλειτουργία τὴν μονή του. Τῇ 6ῃ Ἰανουαρίου 1454 ἐξελέγη ἀπὸ σύνοδο πλησιοχώρων ἀρχιερέων πρῶτος μετὰ τὴν Ἅλωσι πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως καὶ ἐνεθρονίσθη δι᾽ ἐπισήμου τελετῆς ἀπὸ τὸν σουλτάνο, ὁ ὁποῖος τοῦ παραχώρησε τὸν ναὸ τῶν Ἁγίων Ἀποστόλων διὰ νὰ ἐγκαταστήσει ἐκεῖ τὸ Πατριαρχεῖο. Ἂν καὶ ὀλιγόχρονος, ἡ πατριαρχεία τοῦ Γενναδίου θεωρεῖται σημαντικότατη γιὰ τὴν ἱστορία τόσο τοῦ νεώτερου Ἐλληνισμοῦ, ὅσο καὶ τῆς Ὀρθοδόξου Ἐκκλησίας. Ἡ παραχώρησις εἰς αὐτὸν τῶν προνομίων ἀπὸ τὸν Μωάμεθ ἀπετέλεσε τὴν ἀφετηρία διὰ τὴν ἐξασφάλιση τῶν ἀναγκαίων προϋποθέσεων ἐπιβιώσεως τοῦ ἔθνους καὶ τῆς ὀρθοδόξου χριστιανικῆς πίστεως κατὰ τὴν ἐπακολουθήσασα μακραίωνη δουλεία. Παραλλήλως, ἡ ἵδρυσις ἀπὸ τὸν Γεννάδιο τῆς Πατριαρχικῆς Σχολῆς ἔθεσε τὰ θεμέλια τῆς πνευματικῆς ζωῆς τοῦ ὑποδούλου πλέον γένους. Τῷ 1456 ὁ Γεννάδιος ἠναγκάσθη, κάτω ἀπὸ τὸ βάρος τῶν ἀνυπέρβλητων προβλημάτων καὶ τῆς ἐπισφαλοῦς ὑγείας του, νὰ παραιτηθῇ καὶ νὰ μεταβῇ εἰς τὴν Μονὴ Βατοπεδίου εἰς τὸ Ἁγιον Ὅρος. Ἀργότερα ἐγκατεστάθηκε μόνιμα εἰς τὴν Μονὴ τοῦ Τιμίου Προδρόμου (εἰς τὸ ὅρος Μενοίκιον) πλησίον τῶν Σερρῶμ, ὅπου ἀπέθανε μετὰ τὸ 1472. Ἂν καὶ μετὰ τὴν παραίτησί τοῦ ἦλθε δὶς εἰς τὴν Κωνσταντινούπολι, δὲν ἔχει ἀποδειχθεῖ μὲ βεβαιότητα ὅτι ἐπανῆλθε εἰς τὸν πατριαρχικὸ θρόνο.
Ὁ Γεννάδιος ὑπῆρξε ἀναμφισβήτητα μία ἀπὸ τὰς ἐξοχοτέρας φυσιογνωμίας τοῦ 15ου αἰῶνος. Συγχρόνως ὅμως ὑπῆρξε καὶ ἡ τραγικοτέρα προσωπικότης τῆς ἐποχῆς του. Παρὰ τὰς οἰασδήποτε ἀντιῤῥήσεις αἵτινες κατὰ καιροὺς διετυπώθησαν ὡς πρὸς τὴν ἀρχική του στάσι εἰς τὴν Σύνοδο τῆς Φλωρεντίας, ἡ προσφορά του εἰς τὴν Ὀρθοδοξία ὑπῆρξε τεράστια. Ἀλλὰ καὶ αἱ ὑπηρεσίαι του πρὸς ἔθνος δὲν πρέπει νὰ ὑποτιμηθοῦν, ἂν ἀξιολογηθοῦν σωστά, καὶ ἐντὸς τῶν πλαισίων τῶν ἔντονων πολιτικῶν ἀναστατώσεων ἐπικρατούντων κατὰ τὴν ἐποχή του. Ὁπωσδήποτε, οἱ κατὰ καιροὺς ἀποδεδομένοι εἰς αυτὸν αὐστηροὶ χαρακτηρισμοὶ καὶ αἰ πολλάκις ἀκραῖαι ἐκτιμήσεις τῆς γενικοτέρου πολιτείας του ἀντανακλοῦν διαφορετικὰς τοποθετήσεις ἔναντι τῶν ἐκκλησιαστικοπολιτικῶν πραγμάτων τῆς ἐποχῆς του, δι᾽ αὐτὸ καὶ δὲν εἶναι πάντοτε ἀπηλλαγμέναι ὑποκειμενικῶν στοιχείων. Τῷ ἀναντιῤῥήτῳ πλούτῳ τῶν γνώσεών του καὶ τῷ τεραστίῳ συγγραφικῷ του ἔργῳ καταλαμβάνει δικαιωματικῶς μία ἀπὸ τὰς πρῶτας θέσεις εἰς τὴν βυζαντινὴν Γραμματεῖα. Τὰ ἔργα τοῦ ἐξεδόθησαν παρὰ τῶν L. Petit – X. Siderides – M. Jugie – Oeuvres Completes de Georges Scholarios, vol. I-VIII, Paris 1928 – 1936.